当前蛋白身份：P0DOX7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
115–214（100 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.232 |
| 4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
115–214（100 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.232 |
| 4NM8 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin 提交 2013-11-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 L
115–214（100 aa）
链 M
115–214（100 aa）
链 N
115–214（100 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.292 |
| 5VIC Crystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Envelope protein DIII 提交 2017-04-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
109–214（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 30% w/v PEG 1500
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.286 |
| 5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
109–214（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
109–214（106 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 5W1K JUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
109–212（104 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.7；297 K；1.9 M AmSO4 pH 7.7
|
分辨率 3.99 Å R-free 0.288 |
| 5W1K JUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
109–212（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.7；297 K；1.9 M AmSO4 pH 7.7
|
分辨率 3.99 Å R-free 0.288 |
| 5W1K JUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 K
109–212（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.7；297 K；1.9 M AmSO4 pH 7.7
|
分辨率 3.99 Å R-free 0.288 |
| 5W1K JUNV GP1 CR1-10 Fab CR1-28 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 S
109–212（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.7；297 K；1.9 M AmSO4 pH 7.7
|
分辨率 3.99 Å R-free 0.288 |
| 6BF7 Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain 提交 2017-10-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
129–211（83 aa）
链 F
129–211（83 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton
|
分辨率 6.50 Å |
| 6BF9 Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain 提交 2017-10-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
109–211（103 aa）
链 F
109–211（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton
|
分辨率 7.20 Å |
| 6MSY Anti-HIV-1 Fab Fab 2G12 + Man4 re-refinement 提交 2018-10-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
109–213（105 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；295 K；27% Peg 4000, 0.05M sodium acetate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.242 |
| 6MU3 Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man7 re-refinement 提交 2018-10-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
110–213（104 aa）
链 L
110–213（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；295 K；20% Peg 4000, 0.2M sodium tartrate
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.234 |
| 6MUB Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man5 re-refinement 提交 2018-10-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
110–213（104 aa）
链 L
110–213（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；295 K；1.6M sodium/potassium phosphate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.280 |
| 6N2X Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man9 re-refinement 提交 2018-11-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
109–213（105 aa）
链 L
109–213（105 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；25% Peg 400, 0.2M imidazole malate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 6N32 Anti-HIV-1 Fab 2G12 re-refinement 提交 2018-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
109–213（105 aa）
链 M
109–213（105 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.05M ammonium sulfate, 18% Peg 6000, 0.1M imidazole malate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.227 |
| 6N35 Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man1-2 re-refinement 提交 2018-11-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
109–213（105 aa）
链 L
109–213（105 aa）
|
未记录 | BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2M Sodium/Potassium Phosphate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.238 |
| 6NQD Cryo-EM structure of T/F100 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with 8ANC195 Fab 提交 2019-01-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
109–214（106 aa）
链 H
109–214（106 aa）
链 L
109–214（106 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6UOE 3-25 Fab germline-reversion variant bound to an HCMV gB-derived peptide 提交 2019-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
114–214（101 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M magnesium chloride, 13.4% PEG3350, 16.75% PEG400, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.186 |
| 6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
109–214（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
109–214（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
109–214（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
109–214（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
109–214（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
109–214（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
109–214（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 8BBO SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-36 Fab 提交 2022-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
2–214（213 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2% (v/v) PEG400, 0.1M imidazole pH7.0 and 24% (w/v) PEG MME 5000.
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分辨率 2.75 Å R-free 0.252 |
| 8XKJ Ckappa domain of human immunoglobulin 提交 2023-12-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
110–213（104 aa）
片段：Ckappa domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Not defined；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM Napi, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |