当前蛋白身份：P10276
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DKF CRYSTAL STRUCTURE OF A HETERODIMERIC COMPLEX OF RAR AND RXR LIGAND-BINDING DOMAINS 提交 1999-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
182–416（235 aa）
片段：LIGAND-BINDING DOMAIN
|
未记录 | OLA OLEIC ACID × 1 BMS 4-[(4,4-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-[1,2']BINAPTHALENYL-7-CARBONYL)-AMINO]-BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.25；PEG 10000, pH 7.25
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 1DSZ STRUCTURE OF THE RXR/RAR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER IN COMPLEX WITH THE RETINOIC ACID RESPONSE ELEMENT DR1 提交 2000-01-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
82–167（86 aa）
片段：RESIDUES 82-167
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；18-23% PEG 3350, 25 mM Tris buffer, 5 mM MgCl2, 0.4 M NH4CL,
RXR and RAR proteins each at 0.45 mM, DNA duplex at 0.45 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.267 |
| 3A9E Crystal structure of a mixed agonist-bound RAR-alpha and antagonist-bound RXR-alpha heterodimer ligand binding domains 提交 2009-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
153–421（269 aa）
片段：Ligand Binding Domain
|
未记录 | 754 (2E,4E,6Z)-3-methyl-7-(5,5,8,8-tetramethyl-3-propoxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)octa-2,4,6-trienoic acid × 1 REA RETINOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；200mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.264 |
| 3A9E Crystal structure of a mixed agonist-bound RAR-alpha and antagonist-bound RXR-alpha heterodimer ligand binding domains 提交 2009-10-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
153–421（269 aa）
片段：Ligand Binding Domain
|
未记录 | 754 (2E,4E,6Z)-3-methyl-7-(5,5,8,8-tetramethyl-3-propoxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)octa-2,4,6-trienoic acid × 2 REA RETINOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；200mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.264 |
| 3KMR Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with an agonist ligand (Am580) and a coactivator fragment 提交 2009-11-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
片段：ligand binding domain (UNP RESIDUE 176-421)
|
未记录 | EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；15% (w/v) PEG 6000, 5% (w/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.237 |
| 3KMZ Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment 提交 2009-11-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
片段：ligand binding domain
链 B
176–421（246 aa）
片段：ligand binding domain
|
未记录 | EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 3KMZ Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment 提交 2009-11-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
176–421（246 aa）
片段：ligand binding domain
|
未记录 | EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 3KMZ Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment 提交 2009-11-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
片段：ligand binding domain
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未记录 | EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 4DQM Revealing a marine natural product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and antitumor activity 提交 2012-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
182–415（234 aa）
片段：ligand binding domain, UNP RESIDUES 182-415
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未记录 | LUF (5S)-4-[(3E,7E)-4,8-dimethyl-10-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)deca-3,7-dien-1-yl]-5-hydroxyfuran-2(5H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% v/v Tacsimate pH7.0, 5% 2-propanol, 0.1M imadazole , 8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.259 |
| 4DQM Revealing a marine natural product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and antitumor activity 提交 2012-02-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
182–415（234 aa）
片段：ligand binding domain, UNP RESIDUES 182-415
|
未记录 | LUF (5S)-4-[(3E,7E)-4,8-dimethyl-10-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)deca-3,7-dien-1-yl]-5-hydroxyfuran-2(5H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% v/v Tacsimate pH7.0, 5% 2-propanol, 0.1M imadazole , 8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.259 |
| 5K13 Crystal structure of the RAR alpha ligand-binding domain in complex with an antagonist 提交 2016-05-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
片段：UNP residues 176-421
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未记录 | 6Q7 4-{5-(3-tert-butylphenyl)-1-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-pyrazol-3-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；10-20% PEG 3350, 0.2M di-ammonium citrate
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分辨率 1.85 Å R-free 0.222 |
| 6XWG Crystal Structure of the Human RXR/RAR DNA-Binding Domain Heterodimer Bound to the Human RARb2 DR5 Response Element 提交 2020-01-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 D
82–167（86 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5
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分辨率 2.40 Å R-free 0.207 |
| 7AOS crystal structure of the RARalpha/RXRalpha ligand binding domain heterodimer in complex with a fragment of SRC1 coactivator 提交 2020-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
176–421（246 aa）
|
未记录 | LG2 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24% PEG 3350, 0.2M Na acetate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0
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分辨率 2.55 Å R-free 0.262 |
| 7APO Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with a fragment of the TIF2 coactivator 提交 2020-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
链 B
176–421（246 aa）
|
未记录 | EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Lithium Chloride, 0.1M MES pH6.0, 20% PEG6000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 7QAA Crystal structure of RARalpha/RXRalpha ligand binding domain heterodimer in complex with BMS614 and oleic acid 提交 2021-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–319（235 aa）
|
未记录 | OLA OLEIC ACID × 1 BMS 4-[(4,4-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-[1,2']BINAPTHALENYL-7-CARBONYL)-AMINO]-BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；23% PEG 10,000
0.1 M Hepes, pH 7.25
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.245 |
| 7WQQ Retinoic acid receptor alpha mutant - N299H 提交 2022-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
176–421（246 aa）
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突变：N299H | 5Z6 4-[(E)-3-(3,5-ditert-butylphenyl)-3-oxidanylidene-prop-1-enyl]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05M Bis-Tris Propane pH 5.0, 0.05M Citric acid, 18% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.206 |
| 9GFE hRAR LBD protein in complex with AM580 agonist ligand and a stapled peptide 提交 2024-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
181–415（235 aa）
|
未记录 | EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；PEG 3350 20%, 0.2M Lithium Acetate, 0.05M NH4 Citrate
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.229 |
| 9GFI hRAR alpha LBD-AM580 complex with staple peptide 提交 2024-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
180–415（236 aa）
|
未记录 | EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 3350 20%, 0.2M NaSCN
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.272 |