当前蛋白身份：P12493
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1GWP STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN 提交 2002-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
132–282（151 aa）
片段：AMINO-TERMINAL CORE DOMAIN RESIDUES 132 - 282
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 B
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 C
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.332 |
| 1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 R
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
链 S
1–131（131 aa）
片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.332 |
| 1UPH HIV-1 Myristoylated Matrix 提交 2003-10-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–131（131 aa）
片段：RESIDUES 1-131
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 2C55 Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 Protein 提交 2005-10-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
448–499（52 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 3；300 K；压力 1.0
NMR样品组成
50% WATER/50% TFE-D2
|
分辨率未提供 |
| 2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
133–278（146 aa）
片段：RESIDUES 133-278
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
133–278（146 aa）
片段：RESIDUES 133-278
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 3GV2 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-03-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 B
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 C
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 D
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 E
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
链 F
133–351（219 aa）
片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK
|
突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 600 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.323 |
| 4U0A Hexameric HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C,E45C,W184A,M185A | CL CHLORIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.6M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1M TRIS
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.253 |
| 4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 4U0C Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：yes | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.211 |
| 4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 4U0E Hexameric HIV-1 CA in complex with PF3450074 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：yes | CL CHLORIDE ION × 6 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M magnesium chloride, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% w/v 1,5-diaminopentane dihydrochloride
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.239 |
| 4U0F Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：yes | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 3A8 (4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% v/v ethylene glycol
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.270 |
| 4XFX Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MMT
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.249 |
| 4XFY Structure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 12 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.250 |
| 4XFZ Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2014-12-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 12 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.241 |
| 4XRO Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) 提交 2015-01-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1 M NaCl, 12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 4% v/v formamide
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.226 |
| 4XRQ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) in complex with PF-3450074 提交 2015-01-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A | 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M potassium thiocyanate, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% 1,4-dioxane
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.221 |
| 5HGL Hexameric HIV-1 CA, open conformation 提交 2016-01-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M | 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.282 |
| 5HGM Hexameric HIV-1 CA in complex with dATP 提交 2016-01-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：C14A, C45E, A184W, A185M | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), 10mM dATP
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.263 |
| 5HGN Hexameric HIV-1 CA, apo form 提交 2016-01-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：C14A, C45E, A184W, A185M | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.223 |
| 5HGO Hexameric HIV-1 CA R18G mutant 提交 2016-01-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：C14A, C45E, A184W, A185M, R18G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 5HGP Hexameric HIV-1 CA in complex with hexacarboxybenzene 提交 2016-01-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：C14A, C45E, A184W, A185M | BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), Mellitic acid (1mM). Mellitic acid stock was adjusted to pH 8.0 with TRIS prior to setting up trays.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.221 |
| 5IRT Dimerization interface of the noncrystalline HIV-1 capsid protein lattice from solid state NMR spectroscopy of tubular assemblies 提交 2016-03-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成
15 mM U-15N,13C-Met and U-15N Capsid protein, water | water
NMR样品组成
15 mM 2-13C-glycerol and U-15N Capsid protein, water | water
NMR样品组成
15 mM 2-13C-glycerol, U-15N, unlabeled Tyr and Phe Capsid protein, water | water
NMR样品组成
7.5 mM Methyl-13C-Met Capsid protein-1, 7.5 mM 15N-indole Capsid protein-2, water | water
NMR样品组成
15 mM Methyl-13C-Met, 2-13C-indole, U-15N Capsid protein, water | water
|
分辨率未提供 |
| 5JPA Hexameric HIV-1 CA H12Y mutant 提交 2016-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：H12Y, A14C, E45C, W184A, M185A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；PEG 550MME (12% w/v), KSCN (0.15M), 0.1M TRIS
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 5L93 An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation 提交 2016-06-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
148–371（224 aa）
链 B
148–371（224 aa）
链 C
148–371（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5O2U Llama VHH in complex with p24 提交 2017-05-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–500（500 aa）
链 C
1–500（500 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris base pH 8.0, Polyethylene glycol (PEG) 6000
25% Ethylene Glycol
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.256 |
| 5TSV HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - R3 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.2
12% PEG 8000
2% Tacsimate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9
12% PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9
12% PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 5UPW CryoEM Structure Refinement by Integrating NMR Chemical Shifts with Molecular Dynamics Simulations 提交 2017-02-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
链 B
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
链 C
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
链 D
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
链 E
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
链 F
133–353（221 aa）
片段：UNP residues 133-353
|
突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The assembled sample (1.5 microliter) was
applied to the carbon side of a glow discharged perforated Quantifoil grid, followed by application of 3 microliter of low salt buffer (100 milimolar NaCl, 50 milimolar Tris pH 8.0) on the back side of the grid, and blotting, from the back side, with a filter paper, before plunge-freezing in liquid
ethane
|
分辨率 5.00 Å |
| 6AYA Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Nup153 peptide 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 6BHS HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form 提交 2017-10-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A146C, E177C, W316A, M317A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 0.1 M Tris
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.284 |
| 6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.255 |
| 6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.255 |
| 6H09 HIV capsid hexamer with IP6 ligand 提交 2018-07-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–351（219 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；293 K；PEG 4K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.266 |
| 6WAP Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-03-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1
NMR样品组成
100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
|
分辨率未提供 |
| 6X63 Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-05-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 378 PDB 声明：378-meric（378） 与蛋白数一致 |
链 0
133–363（231 aa）
链 0A
133–363（231 aa）
链 0B
133–363（231 aa）
链 0C
133–363（231 aa）
链 0D
133–363（231 aa）
链 0E
133–363（231 aa）
链 1
133–363（231 aa）
链 1A
133–363（231 aa）
链 1B
133–363（231 aa）
链 1C
133–363（231 aa）
链 1D
133–363（231 aa）
链 1E
133–363（231 aa）
链 2
133–363（231 aa）
链 2A
133–363（231 aa）
链 2B
133–363（231 aa）
链 2C
133–363（231 aa）
链 2D
133–363（231 aa）
链 2E
133–363（231 aa）
链 3
133–363（231 aa）
链 3A
133–363（231 aa）
链 3B
133–363（231 aa）
链 3C
133–363（231 aa）
链 3D
133–363（231 aa）
链 3E
133–363（231 aa）
链 4
133–363（231 aa）
链 4A
133–363（231 aa）
链 4B
133–363（231 aa）
链 4C
133–363（231 aa）
链 4D
133–363（231 aa）
链 4E
133–363（231 aa）
链 5
133–363（231 aa）
链 5A
133–363（231 aa）
链 5B
133–363（231 aa）
链 5C
133–363（231 aa）
链 5D
133–363（231 aa）
链 5E
133–363（231 aa）
链 6
133–363（231 aa）
链 6A
133–363（231 aa）
链 6B
133–363（231 aa）
链 6C
133–363（231 aa）
链 6D
133–363（231 aa）
链 6E
133–363（231 aa）
链 7
133–363（231 aa）
链 7A
133–363（231 aa）
链 7B
133–363（231 aa）
链 7C
133–363（231 aa）
链 7D
133–363（231 aa）
链 7E
133–363（231 aa）
链 8
133–363（231 aa）
链 8A
133–363（231 aa）
链 8B
133–363（231 aa）
链 8C
133–363（231 aa）
链 8D
133–363（231 aa）
链 8E
133–363（231 aa）
链 9
133–363（231 aa）
链 9A
133–363（231 aa）
链 9B
133–363（231 aa）
链 9C
133–363（231 aa）
链 9D
133–363（231 aa）
链 9E
133–363（231 aa）
链 A
133–363（231 aa）
链 AA
133–363（231 aa）
链 AB
133–363（231 aa）
链 AC
133–363（231 aa）
链 AD
133–363（231 aa）
链 AE
133–363（231 aa）
链 AF
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 BA
133–363（231 aa）
链 BB
133–363（231 aa）
链 BC
133–363（231 aa）
链 BD
133–363（231 aa）
链 BE
133–363（231 aa）
链 BF
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 CA
133–363（231 aa）
链 CB
133–363（231 aa）
链 CC
133–363（231 aa）
链 CD
133–363（231 aa）
链 CE
133–363（231 aa）
链 CF
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 DA
133–363（231 aa）
链 DB
133–363（231 aa）
链 DC
133–363（231 aa）
链 DD
133–363（231 aa）
链 DE
133–363（231 aa）
链 DF
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 EA
133–363（231 aa）
链 EB
133–363（231 aa）
链 EC
133–363（231 aa）
链 ED
133–363（231 aa）
链 EE
133–363（231 aa）
链 EF
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 FA
133–363（231 aa）
链 FB
133–363（231 aa）
链 FC
133–363（231 aa）
链 FD
133–363（231 aa）
链 FE
133–363（231 aa）
链 FF
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
链 GA
133–363（231 aa）
链 GB
133–363（231 aa）
链 GC
133–363（231 aa）
链 GD
133–363（231 aa）
链 GE
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 HA
133–363（231 aa）
链 HB
133–363（231 aa）
链 HC
133–363（231 aa）
链 HD
133–363（231 aa）
链 HE
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 IA
133–363（231 aa）
链 IB
133–363（231 aa）
链 IC
133–363（231 aa）
链 ID
133–363（231 aa）
链 IE
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 JA
133–363（231 aa）
链 JB
133–363（231 aa）
链 JC
133–363（231 aa）
链 JD
133–363（231 aa）
链 JE
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 KA
133–363（231 aa）
链 KB
133–363（231 aa）
链 KC
133–363（231 aa）
链 KD
133–363（231 aa）
链 KE
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
链 LA
133–363（231 aa）
链 LB
133–363（231 aa）
链 LC
133–363（231 aa）
链 LD
133–363（231 aa）
链 LE
133–363（231 aa）
链 M
133–363（231 aa）
链 MA
133–363（231 aa）
链 MB
133–363（231 aa）
链 MC
133–363（231 aa）
链 MD
133–363（231 aa）
链 ME
133–363（231 aa）
链 N
133–363（231 aa）
链 NA
133–363（231 aa）
链 NB
133–363（231 aa）
链 NC
133–363（231 aa）
链 ND
133–363（231 aa）
链 NE
133–363（231 aa）
链 O
133–363（231 aa）
链 OA
133–363（231 aa）
链 OB
133–363（231 aa）
链 OC
133–363（231 aa）
链 OD
133–363（231 aa）
链 OE
133–363（231 aa）
链 P
133–363（231 aa）
链 PA
133–363（231 aa）
链 PB
133–363（231 aa）
链 PC
133–363（231 aa）
链 PD
133–363（231 aa）
链 PE
133–363（231 aa）
链 Q
133–363（231 aa）
链 QA
133–363（231 aa）
链 QB
133–363（231 aa）
链 QC
133–363（231 aa）
链 QD
133–363（231 aa）
链 QE
133–363（231 aa）
链 R
133–363（231 aa）
链 RA
133–363（231 aa）
链 RB
133–363（231 aa）
链 RC
133–363（231 aa）
链 RD
133–363（231 aa）
链 RE
133–363（231 aa）
链 S
133–363（231 aa）
链 SA
133–363（231 aa）
链 SB
133–363（231 aa）
链 SC
133–363（231 aa）
链 SD
133–363（231 aa）
链 SE
133–363（231 aa）
链 T
133–363（231 aa）
链 TA
133–363（231 aa）
链 TB
133–363（231 aa）
链 TC
133–363（231 aa）
链 TD
133–363（231 aa）
链 TE
133–363（231 aa）
链 U
133–363（231 aa）
链 UA
133–363（231 aa）
链 UB
133–363（231 aa）
链 UC
133–363（231 aa）
链 UD
133–363（231 aa）
链 UE
133–363（231 aa）
链 V
133–363（231 aa）
链 VA
133–363（231 aa）
链 VB
133–363（231 aa）
链 VC
133–363（231 aa）
链 VD
133–363（231 aa）
链 VE
133–363（231 aa）
链 W
133–363（231 aa）
链 WA
133–363（231 aa）
链 WB
133–363（231 aa）
链 WC
133–363（231 aa）
链 WD
133–363（231 aa）
链 WE
133–363（231 aa）
链 X
133–363（231 aa）
链 XA
133–363（231 aa）
链 XB
133–363（231 aa）
链 XC
133–363（231 aa）
链 XD
133–363（231 aa）
链 XE
133–363（231 aa）
链 Y
133–363（231 aa）
链 YA
133–363（231 aa）
链 YB
133–363（231 aa）
链 YC
133–363（231 aa）
链 YD
133–363（231 aa）
链 YE
133–363（231 aa）
链 Z
133–363（231 aa）
链 ZA
133–363（231 aa）
链 ZB
133–363（231 aa）
链 ZC
133–363（231 aa）
链 ZD
133–363（231 aa）
链 ZE
133–363（231 aa）
链 a
133–363（231 aa）
链 aA
133–363（231 aa）
链 aB
133–363（231 aa）
链 aC
133–363（231 aa）
链 aD
133–363（231 aa）
链 aE
133–363（231 aa）
链 b
133–363（231 aa）
链 bA
133–363（231 aa）
链 bB
133–363（231 aa）
链 bC
133–363（231 aa）
链 bD
133–363（231 aa）
链 bE
133–363（231 aa）
链 c
133–363（231 aa）
链 cA
133–363（231 aa）
链 cB
133–363（231 aa）
链 cC
133–363（231 aa）
链 cD
133–363（231 aa）
链 cE
133–363（231 aa）
链 d
133–363（231 aa）
链 dA
133–363（231 aa）
链 dB
133–363（231 aa）
链 dC
133–363（231 aa）
链 dD
133–363（231 aa）
链 dE
133–363（231 aa）
链 e
133–363（231 aa）
链 eA
133–363（231 aa）
链 eB
133–363（231 aa）
链 eC
133–363（231 aa）
链 eD
133–363（231 aa）
链 eE
133–363（231 aa）
链 f
133–363（231 aa）
链 fA
133–363（231 aa）
链 fB
133–363（231 aa）
链 fC
133–363（231 aa）
链 fD
133–363（231 aa）
链 fE
133–363（231 aa）
链 g
133–363（231 aa）
链 gA
133–363（231 aa）
链 gB
133–363（231 aa）
链 gC
133–363（231 aa）
链 gD
133–363（231 aa）
链 gE
133–363（231 aa）
链 h
133–363（231 aa）
链 hA
133–363（231 aa）
链 hB
133–363（231 aa）
链 hC
133–363（231 aa）
链 hD
133–363（231 aa）
链 hE
133–363（231 aa）
链 i
133–363（231 aa）
链 iA
133–363（231 aa）
链 iB
133–363（231 aa）
链 iC
133–363（231 aa）
链 iD
133–363（231 aa）
链 iE
133–363（231 aa）
链 j
133–363（231 aa）
链 jA
133–363（231 aa）
链 jB
133–363（231 aa）
链 jC
133–363（231 aa）
链 jD
133–363（231 aa）
链 jE
133–363（231 aa）
链 k
133–363（231 aa）
链 kA
133–363（231 aa）
链 kB
133–363（231 aa）
链 kC
133–363（231 aa）
链 kD
133–363（231 aa）
链 kE
133–363（231 aa）
链 l
133–363（231 aa）
链 lA
133–363（231 aa）
链 lB
133–363（231 aa）
链 lC
133–363（231 aa）
链 lD
133–363（231 aa）
链 lE
133–363（231 aa）
链 m
133–363（231 aa）
链 mA
133–363（231 aa）
链 mB
133–363（231 aa）
链 mC
133–363（231 aa）
链 mD
133–363（231 aa）
链 mE
133–363（231 aa）
链 n
133–363（231 aa）
链 nA
133–363（231 aa）
链 nB
133–363（231 aa）
链 nC
133–363（231 aa）
链 nD
133–363（231 aa）
链 nE
133–363（231 aa）
链 o
133–363（231 aa）
链 oA
133–363（231 aa）
链 oB
133–363（231 aa）
链 oC
133–363（231 aa）
链 oD
133–363（231 aa）
链 oE
133–363（231 aa）
链 p
133–363（231 aa）
链 pA
133–363（231 aa）
链 pB
133–363（231 aa）
链 pC
133–363（231 aa）
链 pD
133–363（231 aa）
链 pE
133–363（231 aa）
链 q
133–363（231 aa）
链 qA
133–363（231 aa）
链 qB
133–363（231 aa）
链 qC
133–363（231 aa）
链 qD
133–363（231 aa）
链 qE
133–363（231 aa）
链 r
133–363（231 aa）
链 rA
133–363（231 aa）
链 rB
133–363（231 aa）
链 rC
133–363（231 aa）
链 rD
133–363（231 aa）
链 rE
133–363（231 aa）
链 s
133–363（231 aa）
链 sA
133–363（231 aa）
链 sB
133–363（231 aa）
链 sC
133–363（231 aa）
链 sD
133–363（231 aa）
链 sE
133–363（231 aa）
链 t
133–363（231 aa）
链 tA
133–363（231 aa）
链 tB
133–363（231 aa）
链 tC
133–363（231 aa）
链 tD
133–363（231 aa）
链 tE
133–363（231 aa）
链 u
133–363（231 aa）
链 uA
133–363（231 aa）
链 uB
133–363（231 aa）
链 uC
133–363（231 aa）
链 uD
133–363（231 aa）
链 uE
133–363（231 aa）
链 v
133–363（231 aa）
链 vA
133–363（231 aa）
链 vB
133–363（231 aa）
链 vC
133–363（231 aa）
链 vD
133–363（231 aa）
链 vE
133–363（231 aa）
链 w
133–363（231 aa）
链 wA
133–363（231 aa）
链 wB
133–363（231 aa）
链 wC
133–363（231 aa）
链 wD
133–363（231 aa）
链 wE
133–363（231 aa）
链 x
133–363（231 aa）
链 xA
133–363（231 aa）
链 xB
133–363（231 aa）
链 xC
133–363（231 aa）
链 xD
133–363（231 aa）
链 xE
133–363（231 aa）
链 y
133–363（231 aa）
链 yA
133–363（231 aa）
链 yB
133–363（231 aa）
链 yC
133–363（231 aa）
链 yD
133–363（231 aa）
链 yE
133–363（231 aa）
链 z
133–363（231 aa）
链 zA
133–363（231 aa）
链 zB
133–363（231 aa）
链 zC
133–363（231 aa）
链 zD
133–363（231 aa）
链 zE
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1
NMR样品组成
100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid | solid
NMR样品组成
50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成
50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成
86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid, solid | solid
NMR样品组成
50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid, solid | solid
|
分辨率未提供 |
| 7M9F Structure of the wild-type native full-length HIV-1 capsid protein in complex with ZW-1261 提交 2021-03-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | YTG N-(4-chlorophenyl)-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 IOD IODIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 7QDF Hexameric HIV-1 (M-group) CA R120 mutant 提交 2021-11-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 AAA
133–363（231 aa）
|
突变：R120 | IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 3350 (v/v), 310 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate. Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.278 |
| 7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 21 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.244 |
| 7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.244 |
| 7RAR Structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.240 |
| 7RHN Co-crystal structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer and lenacapavir 提交 2021-07-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.288 |
| 7URN Structure of HIV-1 capsid declination 提交 2022-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
链 M
133–363（231 aa）
链 N
133–363（231 aa）
链 O
133–363（231 aa）
链 P
133–363（231 aa）
链 Q
133–363（231 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.43 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
链 M
133–363（231 aa）
链 N
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
链 M
133–363（231 aa）
链 N
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
链 M
133–363（231 aa）
链 N
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 8QUB Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00074110 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | WVZ (1~{S})-1-phenyl-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.210 |
| 8QUH Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00057456 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | AJ2 4-methylquinolin-2-ol × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 8QUI Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00024969 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | XXL ethyl (3-oxo-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl)acetate × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.216 |
| 8QUJ Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100452 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 WWR 3-(phenylmethyl)-1~{H}-imidazol-2-one × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.200 |
| 8QUK Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WVU (phenylmethyl) 3-oxidanylidenepiperazine-1-carboxylate × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.203 |
| 8QUL Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100555 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 3IP 3-(BENZYLOXY)PYRIDIN-2-AMINE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.210 |
| 8QUW Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01044153 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | WZR (4~{R})-7-oxidanyl-4-phenyl-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.230 |
| 8QUX Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100333 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 S0I 4-benzyl-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.276 |
| 8QUY Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728501 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | X0L 4-[(4-methylphenyl)methyl]-1~{H}-quinoxaline-2,3-dione × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.215 |
| 8QV1 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728505 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | X0H methyl 2-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanoate × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.288 |
| 8QV4 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728503 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZX ethyl 2-(3-oxidanylidene-2,4-dihydroquinoxalin-1-yl)ethanoate × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.303 |
| 8QV9 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829021 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | WZL 7-bromanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.246 |
| 8QVA Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829894 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZ9 7-azanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 8TY6 Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt 提交 2023-08-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8V17 HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploration of a benzothiazole 提交 2023-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–361（229 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | Y4X N-(1,3-benzothiazol-5-yl)-3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 GOL GLYCEROL × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus Condition D11
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.171 |
| 8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
133–361（229 aa）
链 C
133–361（229 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–361（229 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 9D6D Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
|
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I | QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.18 Å |
| 9D6E Gag CA-SP1 immature lattice bound with Bevirimat from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
|
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2I4 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9D88 Gag CA-SP1 immature lattice from enveloped and perforated virus like particles 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 B
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 C
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 D
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 E
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 F
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 G
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 H
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 I
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 J
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 K
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 L
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 M
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 N
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 O
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 P
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 Q
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
链 R
143–371（229 aa）
片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)
|
突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral-like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the virus-like particle and not directly in the buffer environment.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.255 |
| 9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.255 |
| 9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.253 |
| 9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.253 |
| 9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.261 |
| 9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.261 |
| 9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4,
10% PEG 4,000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 9H1P Mature HIV-1 matrix from MA-SP1 cleavage mutant 提交 2024-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
2–132（131 aa）
链 B
433–448（16 aa）
链 C
2–132（131 aa）
链 D
433–448（16 aa）
链 E
2–132（131 aa）
链 F
433–448（16 aa）
链 G
2–132（131 aa）
链 H
433–448（16 aa）
链 I
2–132（131 aa）
链 J
433–448（16 aa）
链 K
2–132（131 aa）
链 L
433–448（16 aa）
链 M
2–132（131 aa）
链 N
433–448（16 aa）
链 O
2–132（131 aa）
链 P
433–448（16 aa）
链 Q
2–132（131 aa）
链 R
433–448（16 aa）
链 S
2–132（131 aa）
链 T
433–448（16 aa）
链 U
2–132（131 aa）
链 V
433–448（16 aa）
链 W
2–132（131 aa）
链 X
433–448（16 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9P9L Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2025-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 B
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 C
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 D
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 E
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 F
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 G
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 H
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 I
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 J
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 K
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 L
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 M
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 N
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 O
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 P
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 Q
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 R
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.28 Å |
| 9P9M CA-SP1 immature lattice assembled in vitro with inhibitor lenacapavir (dialyzed to 50nM) 提交 2025-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 B
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 C
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 D
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 E
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 F
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 G
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 H
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 I
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 J
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 K
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 L
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 M
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 N
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 O
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 P
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 Q
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
链 R
143–371（229 aa）
片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；the initial Lenacapavir concentration is 180uM and CA-SP1 is 90uM upon particle assembly; the assembled particle is then dialyzed in same buffer, but have final Lenacapavir concentration drop to 50nM.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |