当前蛋白身份:P16218 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

差异标签只比较当前检索结果;所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。

相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
1V0A Family 11 Carbohydrate-Binding Module of cellulosomal cellulase Lic26A-Cel5E of Clostridium thermocellum 提交 2004-03-25 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 655–821(167 aa)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6;pH 6.00
分辨率 1.98 Å R-free 0.232
2BV9 HOW FAMILY 26 GLYCOSIDE HYDROLASES ORCHESTRATE CATALYSIS ON DIFFERENT POLYSACCHARIDES. STRUCTURE AND ACTIVITY OF A CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM LICHENASE, CtLIC26A 提交 2005-06-23 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–304(279 aa) 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-304
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.3-1.2M NA FORMATE, 0.1M NA CACODYLATE BUFFERED AT PH 6.5 AND 5-20% PEG 4K
分辨率 1.50 Å R-free 0.157
2BVD HOW FAMILY 26 GLYCOSIDE HYDROLASES ORCHESTRATE CATALYSIS ON DIFFERENT POLYSACCHARIDES. STRUCTURE AND ACTIVITY OF A CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM LICHENASE, CtLIC26A 提交 2005-06-27 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–304(279 aa) 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-304
未记录 ISX (3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidin-3-yl beta-D-glucopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5;PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH THE LIGAND FROM 0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH MES
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2CIP Structure of the Michaelis complex of a family 26 lichenase 提交 2006-03-24 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–304(279 aa) 片段:RESIDUES 26-304
突变:YES ZZ1 4-METHYL-2H-CHROMEN-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K MME BUFFERED TO PH6.5 WITH 0.1 M MES, pH 6.50
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
2CIT Structure of the covalent intermediate of a family 26 lichenase 提交 2006-03-24 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–304(279 aa) 片段:RESIDUES 26-304
突变:YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH 0.1 M MES
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
2LRO Solution structure, dynamics and binding studies of CtCBM11 提交 2012-04-11 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 655–821(167 aa) 片段:CBM11 domain residues 655-821
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.75;压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.75 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LRP Solution structure, dynamics and binding studies of CtCBM11 提交 2012-04-11 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 655–821(167 aa) 片段:CBM11 domain residues 655-821
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5;323 K;离子强度(mmCIF原始值)0.75;压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.75 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2V3G Structure of a family 26 lichenase in complex with noeuromycin 提交 2007-06-18 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–305(280 aa) 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-305
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 1 NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5;CO-CRYSTALLIZED WITH THE LIGAND FROM 0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH MES AND SEEDED
分辨率 1.20 Å R-free 0.144
2VI0 Lichenase CtLic26 in complex with a thio-oligosaccharide 提交 2007-11-26 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–304(279 aa) 片段:RESIDUES 26-304
突变:G271E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K, MME, 0.1 M MES PH 6.5
分辨率 1.51 Å R-free 0.189
4U3A Crystal structure of CtCel5E 提交 2014-07-19 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.42 Å R-free 0.248
4U3A Crystal structure of CtCel5E 提交 2014-07-19 Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.42 Å R-free 0.248
4U5I Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with xylobiose 提交 2014-07-25 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
突变:E314A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
4U5I Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with xylobiose 提交 2014-07-25 Assembly 2 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
突变:E314A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
4U5K Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with cellobiose 提交 2014-07-25 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
突变:E314A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.65 Å R-free 0.255
4U5K Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with cellobiose 提交 2014-07-25 Assembly 2 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
突变:E314A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 21% (W/V) PEG 4000
分辨率 2.65 Å R-free 0.255
5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 C 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 D 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 Assembly 5 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 E 290–654(365 aa) 片段:UNP residues 290-654
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
6R31 Family 11 Carbohydrate-Binding Module from Clostridium thermocellum in complex with beta-1,3-1,4-mixed-linked tetrasaccharide 提交 2019-03-19 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 655–821(167 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293.15 K;20-28% (m/v) polyethyleneglycol (PEG) 3350, 0.2 M potassium phosphate, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.6
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
6R3M Family 11 Carbohydrate-Binding Module from Clostridium thermocellum in complex with beta-1,3-1,4-mixed-linked tetrasaccharide 提交 2019-03-20 Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 655–821(167 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293.15 K;20-28% (m/v) polyethyleneglycol (PEG) 3350, 0.2 M potassium phosphate, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.6
分辨率 1.45 Å R-free 0.208
6ZPL Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor, sybody Sb_GlyT1#7 and bound Na and Cl ions. 提交 2020-07-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白数一致
链 C 31–303(273 aa)
未记录 QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7;292.75 K;Crystals appeared in 3-10 days in 0.1 M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v, 1,3-Butanediol with the longest dimension of 2-5 um.
分辨率 3.94 Å R-free 0.291
8XVI Cryo-EM structure of ETAR bound with Endothelin1 提交 2024-01-15 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 R 26–304(279 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8XVJ Cryo-EM structure of ETAR bound with Macitentan 提交 2024-01-15 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 R 26–304(279 aa)
未记录 A1D5I Macitentan × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8XVK Cryo-EM structure of ETAR bound with Ambrisentan 提交 2024-01-15 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 R 26–304(279 aa)
未记录 A1D5J Ambrisentan × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8XVL Cryo-EM structure of ETAR bound with Zibotentan 提交 2024-01-15 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 R 26–304(279 aa)
未记录 A1D5L Zibotentan × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å