当前蛋白身份：P16234
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5GRN Crystal structure of PDGFRA in Complex with WQ-C-159 提交 2016-08-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
片段：UNP residues 550-696 and 769-973
链 A
769–973（205 aa）
片段：UNP residues 550-696 and 769-973
|
未记录 | 748 N-[2-(dimethylamino)ethyl]-N-[[4-[[4-methyl-3-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]carbamoyl]phenyl]methyl]pyridine-3-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M KCl, 20% PEG 3350, pH 7.0
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.179 |
| 5K5X Crystal structure of human PDGFRA 提交 2016-05-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
片段：UNP residues 550-696,769-973
链 A
769–973（205 aa）
片段：UNP residues 550-696,769-973
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.5, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.224 |
| 6A32 Crystal structure of PDGFRA kinase domain mutant T674I 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
突变：T674I 突变：T674I | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 27% PEG 3350
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.240 |
| 6JOI Crystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by co-crystallization 提交 2019-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
突变：T674I 突变：T674I | 6T2 1-(2-{5-[(3-Methyloxetan-3-yl)methoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}quinolin-8-yl)piperidin-4-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M NaCl, 0.1M Tris pH 8.0, 15% PEG 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.244 |
| 6JOJ Crystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by soaking 提交 2019-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
未记录 | 6T2 1-(2-{5-[(3-Methyloxetan-3-yl)methoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}quinolin-8-yl)piperidin-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH6.9, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6JOK Crystal structure of PDGFRA in complex with sunitinib by soaking 提交 2019-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
未记录 | B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH6.9, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.282 |
| 6JOL Crystal structure of PDGFRA in complex with imatinib by co-crystallization 提交 2019-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
未记录 | STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate pH4.5, 20% PEG 4000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.236 |
| 7LBF CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Platelet-derived growth factor receptor alpha and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109 提交 2021-01-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–524（524 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging
|
分辨率 2.80 Å |
| 7RAM Cryo-EM Structure of the HCMV gHgLgO Trimer Derived from AD169 and TR strains in complex with PDGFRalpha 提交 2021-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–524（524 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；300mM NaCl and 20mM HEPES7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 8PQH PDGFRA T674I mutant kinase domain in complex with avapritinib 提交 2023-07-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
突变：T674I 突变：T674I | 9JI Avapritinib × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10 mg/mL, 13% PEG3350, 200 mM KCl
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.249 |
| 8PQI PDGFRA T674I mutant kinase domain in complex with avapritinib derivative 9 提交 2023-07-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
突变：T674I 突变：T674I | 9OO (1~{S})-~{N}-ethyl-1-(4-fluorophenyl)-1-[2-[4-[6-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-yl]piperazin-1-yl]pyrimidin-5-yl]ethanamine × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5 mg/mL, 5% PEG3350, 200 mM KCl
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 8PQJ PDGFRA wild-type kinase domain 提交 2023-07-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；10 mg/mL, 15% PEG3350, 100 mM Bis-Tris-Propane, pH 7.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.215 |
| 8PQK APO crystal structure of PDGFRA-T674I kinase domain 提交 2023-07-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–696（147 aa）
链 A
769–973（205 aa）
|
突变：T674I 突变：T674I | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；10 mg/mL, 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris-Propane, pH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 9GZH PDGFRA-T674I in complex with covalent ponatinib derivative 19 提交 2024-10-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–973（424 aa）
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突变：T674I | A1IRC 3-(2-imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-~{N}-[4-(propanoylamino)-3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5 mg/mL, 18% PEG3350, 100 mM KCl
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.215 |