当前蛋白身份：P17255
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DFA CRYSTAL STRUCTURE OF PI-SCEI IN C2 SPACE GROUP 提交 1999-11-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
284–737（454 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；323 K；20% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL, 100MM KCL, 200MM MGCL2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.280 |
| 1GPP Crystal structure of the S.cerevisiae Homing Endonuclease PI-SceI Domain I 提交 2001-11-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
284–466（183 aa）
片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999
链 A
693–736（44 aa）
片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999
|
突变：YES 突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.8；30 % PEG4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M NH4-ACETATE
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.189 |
| 1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
274–747（474 aa）
片段：RESIDUES 274-747
|
突变：C284S/H362N/N737S/C738S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.240 |
| 1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
274–747（474 aa）
片段：RESIDUES 274-747
|
突变：C284S/H362N/N737S/C738S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.240 |
| 1LWS Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its recognition sequence 提交 2002-06-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
284–737（454 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 200, na hepes, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.310 |
| 1LWT Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its substrate DNA (Ca2+ free) 提交 2002-06-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
284–737（454 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 3550, na citrate, ammonium acetate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.287 |
| 1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
284–737（454 aa）
链 C
274–283（10 aa）
链 C
738–747（10 aa）
|
突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.283 |
| 1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
284–737（454 aa）
链 D
274–283（10 aa）
链 D
738–747（10 aa）
|
突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.283 |
| 1VDE PI-SCEI, A HOMING ENDONUCLEASE WITH PROTEIN SPLICING ACTIVITY 提交 1997-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
284–737（454 aa）
链 B
284–737（454 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；4% PEG 6K, 10MM BME, 3MM CDCL2, 1MM MGCL2, 100MM TRIS, PH=8.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.238 |
| 3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 A
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 6.90 Å |
| 3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 A
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 7.60 Å |
| 3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 A
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 C
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
2–283（282 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 E
738–1071（334 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 8.30 Å |
| 5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 A
738–1071（334 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 B
738–1071（334 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 C
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.309 |
| 5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 a
1–283（283 aa）
链 a
738–1071（334 aa）
链 b
1–283（283 aa）
链 b
738–1071（334 aa）
链 c
1–283（283 aa）
链 c
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.309 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 A
738–1071（334 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 B
738–1071（334 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 C
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 a
1–283（283 aa）
链 a
738–1071（334 aa）
链 b
1–283（283 aa）
链 b
738–1071（334 aa）
链 c
1–283（283 aa）
链 c
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 A
738–1071（334 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 C
738–1071（334 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 E
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 A
738–1071（334 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 C
738–1071（334 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 E
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 A
738–1071（334 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 C
738–1071（334 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 E
738–1071（334 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1071（1071 aa）
链 E
1–1071（1071 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |