当前蛋白身份：P17948
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 X
132–226（95 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229
链 Y
132–226（95 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.261 |
| 1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 X
132–226（95 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229
链 Y
132–226（95 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.261 |
| 1QSV THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1, 20 NMR STRUCTURES 提交 1999-06-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
129–229（101 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N,13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
NMR样品组成
1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
|
分辨率未提供 |
| 1QSZ THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1 (MINIMIZED MEAN) 提交 1999-06-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
129–229（101 aa）
片段：SECOND EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N,13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
NMR样品组成
1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
NMR样品组成
1MM FLT-1(DOMAIN2) 15% 13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS
|
分辨率未提供 |
| 1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 X
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
链 Y
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE,
TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 T
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
链 U
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE,
TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 T
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
链 U
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
链 X
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
链 Y
129–229（101 aa）
片段：DOMAIN 2
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE,
TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 1RV6 Crystal Structure of PlGF in Complex with Domain 2 of VEGFR1 提交 2003-12-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 X
130–229（100 aa）
片段：domain-2
链 Y
130–229（100 aa）
片段：domain-2
|
未记录 | B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.260 |
| 2XAC Structural Insights into the Binding of VEGF-B by VEGFR-1D2: Recognition and Specificity 提交 2010-03-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
129–226（98 aa）
片段：DOMAIN 2, RESIDUES 129-226
链 X
129–226（98 aa）
片段：DOMAIN 2, RESIDUES 129-226
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；14% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6 AND 0.2M LICL
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.364 |
| 3HNG Crystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide 提交 2009-05-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
801–1158（358 aa）
片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 801-1158
|
未记录 | 8ST N-(4-chlorophenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M potassium formate, 20% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.260 |
| 4CKV Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Zn 提交 2014-01-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 X
132–225（94 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR:1MM VEGFR-1-D2,0.1%(W/V) DDM,4MM LAXAPHYCINE-A,5MM HEPES/NAOH PH 7.5. RESERVOIR:18% (W/V) PEG8000,100MM HEPES/NAOH PH 7.5, 18C
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.205 |
| 4CL7 Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt 提交 2014-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
132–225（94 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225
链 C
132–225（94 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTAL WERE OBTAINED BY HANGING DROP METHOD FROM 1MM VEGFR1-D2, 5MM HEPES/NAOH PH7.0, 10MM COCL2, 100 MM BIS-TRIS/HCL PH6.5 15%(W/V) PEG3350.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 4CL7 Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt 提交 2014-01-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
132–225（94 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225
链 D
132–225（94 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTAL WERE OBTAINED BY HANGING DROP METHOD FROM 1MM VEGFR1-D2, 5MM HEPES/NAOH PH7.0, 10MM COCL2, 100 MM BIS-TRIS/HCL PH6.5 15%(W/V) PEG3350.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
132–226（95 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
132–226（95 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226
|
未记录 | CU COPPER (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
132–226（95 aa）
片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 5T89 Crystal structure of VEGF-A in complex with VEGFR-1 domains D1-6 提交 2016-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 X
27–656（630 aa）
链 Y
27–656（630 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10-14% PEG3000
200 mM calcium chloride
100 mM MES pH 6.5
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.315 |