当前蛋白身份：P18858
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1X9N Crystal Structure of Human DNA Ligase I bound to 5'-adenylated, nicked DNA 提交 2004-08-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
233–919（687 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 6P09 Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.201 |
| 6P0A Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 2 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
片段：residues 262-904
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.203 |
| 6P0B Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
片段：residues 262-904
|
突变：E346A, E592A | MG MAGNESIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.206 |
| 6P0C Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick in EDTA 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
片段：residues 262-904
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.165 |
| 6P0D Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：E346A, E592A | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.179 |
| 6P0E Human DNA Ligase 1 (E346A,E592A) bound to adenylated DNA containing an 8-oxo guanine:adenine base-pair 提交 2019-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
片段：residues 262-904
|
突变：E346A, E592A | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.184 |
| 6Q1V Human DNA Ligase 1 (E592R) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-08-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：E592R | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.194 |
| 7KR3 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a bulged DNA substrate 提交 2020-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：E346A, E592A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 150 mM lithium acetate, 10% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.239 |
| 7KR4 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a nicked DNA substrate control duplex 提交 2020-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：E346A, E592A | ACT ACETATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM lithium acetate, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.215 |
| 7L34 Human DNA Ligase 1 - R641L nicked DNA complex 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–906（645 aa）
|
突变：R641L | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.193 |
| 7L35 Human DNA Ligase 1 - R771W nicked DNA complex 提交 2020-12-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–906（645 aa）
|
突变：R771W | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.195 |
| 7QNZ human Lig1-DNA-PCNA complex reconstituted in absence of ATP 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–919（919 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.58 Å |
| 7QO1 complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
161–919（759 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7SUM Crystal structure of human ligase I with nick duplexes containing cognate A:T 提交 2021-11-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
片段：UNP residues 261-918
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.227 |
| 7SX5 Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing mismatch A:C 提交 2021-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
片段：UNP residues 261-918
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；100 mM MES pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 7SXE Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing cognate G:T 提交 2021-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
片段：UNP residues 261-918
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.245 |
| 8B8T Open conformation of the complex of DNA ligase I on PCNA and DNA in the presence of ATP 提交 2022-10-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
262–535（274 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8V1U Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：F872A | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.210 |
| 8V1V Human DNA Ligase I F872L bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：F872L | GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.223 |
| 8V1W Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–904（643 aa）
|
突变：F872A | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 8VDN DNA Ligase 1 with nick dG:C 提交 2023-12-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
片段：UNP residues 261-918
|
突变：E346A, E592A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.241 |
| 8VDS DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rG:C 提交 2023-12-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% PEG3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.252 |
| 8VDT DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rA:T 提交 2023-12-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
片段：UNP residues 261-918
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.5 K；100mM MES, pH 6.4, 100mM Lithium Acetate, 12 w/vPEG 3350
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.249 |
| 8VZL DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rG:C nicksite 提交 2024-02-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.1 K；100 mM MES (pH 7.0), 100 mM lithium acetate, 14% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.219 |
| 8VZM DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rA:T nicksite 提交 2024-02-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–918（658 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298.1 K；100 mM MES (pH 6.7), 100 mM lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.233 |
| 9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–904（644 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.249 |
| 9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
261–904（644 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.249 |
| 9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
261–904（644 aa）
|
突变：E346A, E592A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.237 |
| 9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
261–904（644 aa）
|
突变：E346A, E592A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.237 |
| 9NYS Human DNA Ligase 1 E346A/E592A/K845N triple mutant with 3'-A:T nick 提交 2025-03-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
突变：E346A, E592A, K845N | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100mM MES pH 7.0, 100 mM Litium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.223 |
| 9YHU DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:A captured at post-catalytic stage 提交 2025-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
突变：E346A, E592A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 200 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.203 |
| 9YHV DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
突变：E346A, E592A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.262 |
| 9YHW DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:A captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
突变：E346A, E592A | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 100 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.229 |
| 9YHX DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
突变：E346A, E592A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.253 |
| 9YHY DNA ligase 1 wild-type in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
262–918（657 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.283 |