当前蛋白身份：P19438
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EXT EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE 55KDA TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR. CRYSTALLIZED AT PH3.7 IN P 21 21 21. 提交 1996-07-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
41–201（161 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 B
41–201（161 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 3.7；CRYSTALLIZED AT PH3.7 IN P 21 21 21.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.243 |
| 1FT4 PHOTOCHEMICALLY-ENHANCED BINDING OF SMALL MOLECULES TO THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 提交 2000-09-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
41–201（161 aa）
片段：55 KD EXTRACELLULAR DOMAIN (MET PLUS RESIDUES 12-272)
链 B
41–201（161 aa）
片段：55 KD EXTRACELLULAR DOMAIN (MET PLUS RESIDUES 12-272)
|
未记录 | 703 5-(3-MORPHOLIN-4-YL-PROPYL)-2-(3-NITRO-PHENYL)-4-THIOXO-4,5-DIHYDRO-1-THIA-3B,5-DIAZA-CYCLOPENTA[A]PENTALEN-6-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；MPD, Ammonium Acetate Tris Buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 297K
|
分辨率 2.90 Å |
| 1ICH SOLUTION STRUCTURE OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 DEATH DOMAIN 提交 2001-04-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
345–455（111 aa）
片段：DEATH DOMAIN
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突变：R347K | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM sample | 10 mM Sodium acetate at pH 4.0, 10 mM DTT
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分辨率未提供 |
| 1NCF A NEW PARADIGM FOR TUMOR NECROSIS FACTOR SIGNALLING 提交 1994-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
41–201（161 aa）
链 B
41–201（161 aa）
|
突变：R11M 突变：R11M | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å R-free 0.249 |
| 1TNR CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE HUMAN 55 KD TNF RECEPTOR-HUMAN TNF-BETA COMPLEX: IMPLICATIONS FOR TNF RECEPTOR ACTIVATION 提交 1994-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 R
44–182（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.85 Å |
| 7K7A Transmembrane structure of TNFR1 提交 2020-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
209–238（30 aa）
链 B
209–238（30 aa）
链 C
209–238（30 aa）
|
突变：C223A, M233A 突变：C223A, M233A 突变：C223A, M233A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.4 mM [U-100% 13C] Protein A, 20 mM sodium phosphate, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 0.4 mM [U-100% 2H; U-100% 15N] Protein B, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 7KP7 asymmetric mTNF-alpha hTNFR1 complex 提交 2020-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
42–184（143 aa）
链 E
42–184（143 aa）
链 F
42–184（143 aa）
|
突变：N25D, C153S 突变：N25D, C153S 突变：N25D, C153S | SO4 SULFATE ION × 30 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.1M BisTris pH5.5, and cryo-protected with paraffin oil; Vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K.
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.227 |
| 7KP8 asymmetric mTNF-alpha hTNFR1 complex 提交 2020-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
43–184（142 aa）
链 F
43–184（142 aa）
|
突变：N25E, C153S 突变：N25E, C153S | A7G 1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-benzimidazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.65；298 K；800 mM sodium potassium tartrate, 0.45% PEG 5000 MME, 100 mM Tris, pH7.65. Vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.272 |
| 7KPB Human TNF-alpha TNFR1 complex bound to conformationally selective antibody 提交 2020-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 E
42–184（143 aa）
链 F
42–184（143 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 D84 5-(1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenoxy]methyl}-1H-benzimidazol-6-yl)pyridin-2(1H)-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1M HEPES, pH7.0, 10% w/v PEG6,000 and cryo-protected in glycerol performed in 5-10-15% steps. Vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.256 |
| 8P6Q Racemic structure of TNFR1 cysteine-rich domain 提交 2023-05-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
101–145（45 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；250 nL of DL-TNFR-1 CRD2 (25 mg/mL) and 250 nL of precipitant (1.5 M Sodium chloride, 10% v/v ethanol, pH 8.5) were mixed in the sitting drop. The single, block shaped crystal was dipped into 2.0 M lithium sulfate and flash frozen in liquid nitrogen during harvesting.
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.251 |
| 8ZUI Binary cluster of TNF-TNFR1 ectodomain complex 提交 2024-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
30–211（182 aa）
链 E
30–211（182 aa）
链 F
30–211（182 aa）
链 J
30–211（182 aa）
链 K
30–211（182 aa）
链 L
30–211（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 9V9C Cryo-EM structure of human TNFR1 DD filament 提交 2025-05-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 B
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 C
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 D
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 E
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 F
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 G
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 H
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 I
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 J
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 K
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 L
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 M
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 N
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 O
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 P
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 Q
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 R
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 S
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
链 T
342–455（114 aa）
片段：TNFR1 death domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 9VIN Ternary complex of TNFR1-DD, TRADD-DD and RIPK1-DD 提交 2025-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 A
342–455（114 aa）
链 B
342–455（114 aa）
链 C
342–455（114 aa）
链 D
342–455（114 aa）
链 G
342–455（114 aa）
链 a
342–455（114 aa）
链 b
342–455（114 aa）
链 c
342–455（114 aa）
链 d
342–455（114 aa）
链 e
342–455（114 aa）
链 f
342–455（114 aa）
链 g
342–455（114 aa）
链 h
342–455（114 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH7.5, 1mM EDTA, 1mM DTT.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |