当前蛋白身份：P21359
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1NF1 THE GAP RELATED DOMAIN OF NEUROFIBROMIN 提交 1998-07-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
864–1196（333 aa）
片段：GAP RELATED DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；S. REF. DESCRIBING THE STRUCTURE, pH 8
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.369 |
| 2D4Q Crystal structure of the Sec-PH domain of the human neurofibromatosis type 1 protein 提交 2005-10-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1581–1837（257 aa）
片段：Sec14 homology domain
链 B
1581–1837（257 aa）
片段：Sec14 homology domain
|
未记录 | OXN OXTOXYNOL-10 × 2 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Na4P2O7, MES, PEG 4000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；NaH2PO, NaCl, sodium acetate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.280 |
| 2E2X Sec14 Homology Module of Neurofibromin in complex with phosphatitylethanolamine 提交 2006-11-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1566–1837（272 aa）
片段：NF1
链 B
1566–1837（272 aa）
片段：NF1
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 2 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；5% PEG 4000, 0.25M NaPP, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.283 |
| 3P7Z Crystal structure of the Neurofibromin Sec14-PH module containing the patient derived mutation I1584V 提交 2010-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1566–1837（272 aa）
链 B
1566–1837（272 aa）
|
突变：I1584V 突变：I1584V | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 2 NA SODIUM ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES, 7.5% PEG 4000, 0.2M Na4P207, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.266 |
| 3PEG Crystal structure of Neurofibromins Sec14-PH module containing a patient derived duplication (TD) 提交 2010-10-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1566–1733（168 aa）
链 A
1720–1733（14 aa）
链 A
1734–1837（104 aa）
|
突变：insertion mutant 突变：insertion mutant 突变：insertion mutant | SO4 SULFATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289.15 K；0.05M HEPES, 39% PEG 400, 0.2M (NH4)2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.264 |
| 3PEG Crystal structure of Neurofibromins Sec14-PH module containing a patient derived duplication (TD) 提交 2010-10-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1566–1733（168 aa）
链 A
1720–1733（14 aa）
链 A
1734–1837（104 aa）
|
突变：insertion mutant 突变：insertion mutant 突变：insertion mutant | SO4 SULFATE ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289.15 K；0.05M HEPES, 39% PEG 400, 0.2M (NH4)2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.264 |
| 3PG7 Crystal structure of the H. sapiens NF1 SEC-PH domain (del1750 mutant) 提交 2010-10-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1581–1837（257 aa）
|
突变：K1771 deletion mutant | PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.19 Å R-free 0.249 |
| 3PG7 Crystal structure of the H. sapiens NF1 SEC-PH domain (del1750 mutant) 提交 2010-10-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1581–1837（257 aa）
|
突变：K1771 deletion mutant | PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.19 Å R-free 0.249 |
| 6OB2 Crystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1209–1463（255 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 19% PAA-co-maleic acid
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 6OB2 Crystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1209–1463（255 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 19% PAA-co-maleic acid
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 6OB3 Crystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1209–1463（255 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6.0 and 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.226 |
| 6OB3 Crystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1209–1463（255 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6.0 and 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.226 |
| 6V65 Crystal structure of KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1 complex 提交 2019-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1203–1530（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；100 mM Tris pH7.8
100 mM ammonium sulfate
300 mM sodium formate
3% PEG3350, 3.5% PGA-LM
10% detergent ANAPOE-80
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.241 |
| 6V6F Crystal structure of Q61L KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1(EVH1) complex 提交 2019-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1203–1530（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；100 mM Tris pH 7.8,
100 mM ammonium sulfate,
300 mM sodium formate,
3% PEG3350,
3.5% PGA-LM
10% detergent ANAPOE-80
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.265 |
| 7MOC Neurofibromin core 提交 2021-05-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–2818（2817 aa）
链 B
2–2818（2817 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.56 Å |
| 7MP5 Autoinhibited neurofibrobmin 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–2818（2817 aa）
链 B
2–2818（2817 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 7MP6 Neurofibromin homodimer 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–2818（2817 aa）
链 B
2–2818（2817 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.25 Å |
| 7PGP The core structure of human neurofibromin isoform 2 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PGQ GAP-SecPH region of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation. 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7PGR The structure of human neurofibromin isoform 2 in closed conformation 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PGS Consensus structure of human Neurofibromin isoform 2 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7PGT The structure of human neurofibromin isoform 2 in opened conformation. 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7PGU Autoinhibited structure of human neurofibromin isoform 2 stabilized by Zinc. 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–2839（2839 aa）
链 N
1–2839（2839 aa）
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7R03 Neurofibromin occluded conformation 提交 2022-02-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
链 B
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7R04 Neurofibromin in open conformation 提交 2022-02-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
链 B
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8E20 Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer 提交 2022-08-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
链 B
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EDL Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8EDM Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
链 B
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EDN Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2818（2818 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8EDO Cryo-EM structure of the full-length human NF1 dimer 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1039–2302（1264 aa）
链 B
1039–2302（1264 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |