当前蛋白身份：P21796
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2JK4 Structure of the human voltage-dependent anion channel 提交 2008-08-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–283（282 aa）
片段：RESIDUES 2-283
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1 M HEPES SODIUM PH 7.5, 30% V/V POLYETHYLENE GLYCOL 400
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分辨率 4.10 Å R-free 0.387 |
| 2K4T Solution structure of human VDAC-1 in LDAO micelles 提交 2008-06-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] VDAC-1, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 5JDP E73V mutant of the human voltage-dependent anion channel 提交 2016-04-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–283（282 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM U- 2H, 15N_sample E73V mutant of the Voltage-dependent anion channel 1, 2 % [U-2H] LDAO, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 5XDN Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in P22121 space group 提交 2017-03-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
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未记录 | D12 DODECANE × 2 HEX HEXANE × 4 OCT N-OCTANE × 1 D10 DECANE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；36% PEG300, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.1 M NaCl
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.300 |
| 5XDO Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in C222 space group 提交 2017-03-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
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未记录 | SPD SPERMIDINE × 2 OCT N-OCTANE × 4 LNK PENTANE × 2 HEX HEXANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；45% PEG300, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.15 M NaCl, 11 mM spermidine
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分辨率 3.10 Å R-free 0.298 |
| 6G6U The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 2.7 Angstrom resolution 提交 2018-04-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
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未记录 | MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 NO3 NITRATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25.5% precipitant mix 4 [25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG 1000, 25% (w/v) PEG 3350], 0.06 M NH4NO3, 0.1 buffer system 1 [imidazole and MES adjusted to pH 6.5]
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分辨率 2.74 Å R-free 0.287 |
| 6G73 The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution 提交 2018-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
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未记录 | MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.2 K；25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]
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分辨率 3.27 Å R-free 0.298 |
| 6G73 The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution 提交 2018-04-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
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未记录 | MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.2 K；25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.298 |
| 6TIQ Refined solution NMR structure of hVDAC-1 in detergent micelles 提交 2019-11-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）225；压力 1
NMR样品组成
0.6 mM U-99%-2H,13C,15N hVDAC-1, 3 % no LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [ U -99%- 2 H, 13 C, 15 N; 99%- 1 H delta -IL; 99%- 1 H gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [ U -99%- 2 H, 15 N; 99%- 1 H delta , 13 C delta -IL; 99%- 1 H gamma , 13 C gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 6TIR NOE based model of hVDAC-1 bound to beta-NADH in detergent micelles 提交 2019-11-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
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未记录 | NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1Hdelta-IL; 99%-1Hgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1H,13C-delta-IL; 99%-1H,13Cgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM U-99%-2H,15N,13C human VDAC-1, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 7QI2 Magic-angle spinning NMR structure of the human voltage-dependent anion channel 1 (E73V/C127A/C232S) in DMPC lipid bilayers 提交 2021-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
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突变：E73V/C127A/C232S | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 1
NMR样品组成
66 % w/w [U-13C; U-15N; U-2H] u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O | 100% H2O
NMR样品组成
66 % w/w [U-13C; U-15N]-alpha PET u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O | 100% H2O
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分辨率未提供 |
| 8J0O cryo-EM structure of human EMC and VDAC 提交 2023-04-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 K
1–283（283 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.32 Å |
| 9PFZ Architecture of human Voltage Dependent Anion Channel 1 in nanodiscs 提交 2025-07-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；25 mM NaPi, 100 mM NaCl, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.0 uL sample,
blot time 3sec,
Blotforce 1,
Blot total 1,
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分辨率 5.40 Å |