当前蛋白身份：P25586
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4QMF Structure of the Krr1 and Faf1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2014-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
32–222（191 aa）
片段：UNP residues 32-222
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2M tri-ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.278 |
| 4QMF Structure of the Krr1 and Faf1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2014-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
32–222（191 aa）
片段：UNP residues 32-222
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2M tri-ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.278 |
| 5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 K1
1–316（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 K1
1–316（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 4.50 Å |
| 6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 RC
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging
|
分辨率 3.40 Å |
| 6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 RC
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric（70） 与全部聚合物一致 |
链 RC
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 RC
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 JO
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 JO
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 JO
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 JO
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 RC
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7SUK Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells 提交 2021-11-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric（70） 与全部聚合物一致 |
链 NK
38–212（175 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 9G25 snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–316（316 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 9G28 snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–316（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9G33 Stalled 90S - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致 |
链 JO
1–316（316 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NK
1–316（316 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NK
1–316（316 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NK
1–316（316 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 NK
1–316（316 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NK
1–316（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.74 Å |