当前蛋白身份：P28632
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EM8 Crystal structure of chi and psi subunit heterodimer from DNA POL III 提交 2000-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
26–137（112 aa）
片段：RESIDUES 26-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；methylpentanediol, HEPES, PEG 4000, Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 1EM8 Crystal structure of chi and psi subunit heterodimer from DNA POL III 提交 2000-03-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
26–137（112 aa）
片段：RESIDUES 26-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；methylpentanediol, HEPES, PEG 4000, Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 3GLI Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Template DNA and Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 O
2–28（27 aa）
片段：UNP residues 2-28
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 3GLI Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Template DNA and Psi Peptide 提交 2009-03-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 P
2–28（27 aa）
片段：UNP residues 2-28
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 3SXU Structure of the E. coli SSB-DNA polymerase III interface 提交 2011-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–137（136 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.85 Å R-free 0.208 |
| 8GIY E. coli clamp loader with closed clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8GIZ E. coli clamp loader with open clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8GJ0 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 1) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8GJ1 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 2) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 3.00 Å |
| 8GJ2 E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.60 Å |
| 8GJ3 E. coli clamp loader on primed template DNA 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–137（137 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.80 Å |
| 9OYB Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 1 with flexibly bound DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9OYC Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 2 with flexibly bound DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 9OYD Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 1 conformer 3 with disordered DNA at the shoulder 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å |
| 9OYE Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 2 conformer 1 with sharply bent DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 9OYF Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 1-nt gapped DNA in state 2 conformer 2 with less bent DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9OYG Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex alone 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
3–32（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9OYH Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 1 the DNA recognition state 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9OYI Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 1 with fully open clamp and unsettled DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9OYJ Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 2 with fully open clamp and settled DNA 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å |
| 9OYK Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 3 with partially closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9OYL Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 4 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
3–32（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 9OYM Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 5 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9OYN Structure of the E. coli clamp loader DnaX-complex loading beta-clamp onto 10-nt gapped DNA in state 2 conformer 6 with fully closed clamp 提交 2025-06-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–137（137 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |