当前蛋白身份：P32523
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1N87 Solution structure of the U-box of Prp19 提交 2002-11-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–56（56 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.28；压力 ambient
NMR样品组成
1mM Prp19(1-73); UL 20mM phosphate buffer pH 7.0; 20mM NaCl | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1mM Prp19(1-73); U-15N 20mM phosphate buffer pH 7.0; 20mM NaCl | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1mM Prp19(1-73); U-15N,13C 20mM phosphate buffer pH 7.0; 20mM NaCl | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1mM Prp19(1-73); U-15N,13C 20mM phosphate buffer pH 7.0; 20mM NaCl | 99% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2BAY Crystal structure of the Prp19 U-box dimer 提交 2005-10-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
链 D
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；15 mgs/ml and 33% Poly-Ethylene Glycol (PEG) 4000, 75 mM MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 1 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 2BAY Crystal structure of the Prp19 U-box dimer 提交 2005-10-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
链 C
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；15 mgs/ml and 33% Poly-Ethylene Glycol (PEG) 4000, 75 mM MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 1 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 2BAY Crystal structure of the Prp19 U-box dimer 提交 2005-10-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
链 F
1–58（58 aa）
片段：Prp19 U-box
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；15 mgs/ml and 33% Poly-Ethylene Glycol (PEG) 4000, 75 mM MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 1 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 3LRV The Prp19 WD40 Domain Contains a Conserved Protein Interaction Region Essential for its Function. 提交 2010-02-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
165–503（339 aa）
片段：WD40 domain, residues 165-503
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；291 K；2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 3LRV The Prp19 WD40 Domain Contains a Conserved Protein Interaction Region Essential for its Function. 提交 2010-02-11 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
165–503（339 aa）
片段：WD40 domain, residues 165-503
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；291 K；2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 3LRV The Prp19 WD40 Domain Contains a Conserved Protein Interaction Region Essential for its Function. 提交 2010-02-11 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
165–503（339 aa）
片段：WD40 domain, residues 165-503
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；291 K；2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 4ZB4 Spliceosome component 提交 2015-04-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
144–503（360 aa）
片段：UNP residues 144-503
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 4ZB4 Spliceosome component 提交 2015-04-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
144–503（360 aa）
片段：UNP residues 144-503
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5GMK Cryo-EM structure of the Catalytic Step I spliceosome (C complex) at 3.4 angstrom resolution 提交 2016-07-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
突变：Q315S, I317E 突变：Q315S, I317E 突变：Q315S, I317E 突变：Q315S, I317E | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；The CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–503（503 aa）
链 u
1–503（503 aa）
链 v
1–503（503 aa）
链 w
1–503（503 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.
|
分辨率 10.00 Å |
| 5M8C Spliceosome component 提交 2016-10-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
144–503（360 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0
12% PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 5M8C Spliceosome component 提交 2016-10-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
144–503（360 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0
12% PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 5MQ0 Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–503（503 aa）
链 u
1–503（503 aa）
链 v
1–503（503 aa）
链 w
1–503（503 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.
|
分辨率 4.17 Å |
| 5WSG Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution 提交 2016-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 5Y88 Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom 提交 2017-08-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
链 s
1–503（503 aa）
链 t
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 5YLZ Cryo-EM Structure of the Post-catalytic Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae at 3.6 angstrom 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
链 s
1–503（503 aa）
链 t
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6BK8 S. cerevisiae spliceosomal post-catalytic P complex 提交 2017-11-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–503（503 aa）
链 v
1–503（503 aa）
链 w
1–503（503 aa）
链 x
1–503（503 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6EXN Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：40-meric（40） 待复核 |
链 t
1–503（503 aa）
链 u
1–503（503 aa）
链 v
1–503（503 aa）
链 w
1–503（503 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6J6G Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6J6H Cryo-EM structure of the yeast B*-a1 complex at an average resolution of 3.6 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6J6N Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.86 Å |
| 6J6Q Cryo-EM structure of the yeast B*-b2 complex at an average resolution of 3.7 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–503（503 aa）
链 p
1–503（503 aa）
链 q
1–503（503 aa）
链 r
1–503（503 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9DTR Structure of the yeast post-catalytic P complex spliceosome at 2.3 Angstrom resolution 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–503（503 aa）
链 u
1–503（503 aa）
链 v
1–503（503 aa）
链 w
1–503（503 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.31 Å |