当前蛋白身份：P32773
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1NH2 Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex 提交 2002-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–54（53 aa）
片段：N-TERMINAL 54 RESIDUES
链 D
2–122（121 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 1RM1 Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex 提交 2003-11-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–286（286 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ammonium citrate, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 1YTF YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX 提交 1996-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–54（53 aa）
链 C
210–286（77 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.297 |
| 5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
|
分辨率 4.35 Å |
| 5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.80 Å |
| 5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
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分辨率 4.70 Å |
| 5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
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分辨率 5.80 Å |
| 5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–286（286 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.30 Å |
| 6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–94（94 aa）
链 U
210–286（77 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–94（94 aa）
链 U
210–286（77 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–94（94 aa）
链 U
210–286（77 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.70 Å |
| 7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–94（94 aa）
链 U
210–286（77 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–286（286 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–286（286 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |