当前蛋白身份：P34896
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BJ4 RECOMBINANT SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (HUMAN) 提交 1998-07-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
11–480（470 aa）
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未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；2 M SODIUM ACETATE, PH 6.5
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分辨率 2.65 Å R-free 0.226 |
| 6FL5 Structure of human SHMT1-H135N-R137A-E168N mutant at 3.6 Ang. resolution 提交 2018-01-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
11–481（471 aa）
链 D
11–481（471 aa）
链 G
11–481（471 aa）
链 J
11–481（471 aa）
|
突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；2 microL of 80microM protein solution in: 20 mM Hepes pH7.2, 250 mM NaCl 5% glycerol + 2 microL of reservoir:0.1 M Na Cacodilate pH6.5 - 1M Na citrate
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分辨率 3.60 Å R-free 0.277 |
| 6M5W Co-crystal structure of human serine hydroxymethyltransferase 1 in complex with Pyridoxal 5'-phosphate (PLP) and glycodeoxycholic acid 提交 2020-03-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–483（483 aa）
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未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 DXC (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID × 4 GLY GLYCINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, and 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
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分辨率 3.10 Å R-free 0.233 |
| 7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
270–275（6 aa）
片段：UNP residues 270-275
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.185 |
| 7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
270–275（6 aa）
片段：UNP residues 270-275
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.185 |
| 7RJP Crystal structure of human Bromodomain containing protein 4 (BRD4) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
270–275（6 aa）
片段：UNP residues 270-275
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris
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分辨率 1.25 Å R-free 0.174 |
| 8A11 Cryo-EM structure of the Human SHMT1-RNA complex 提交 2022-05-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–483（483 aa）
链 B
1–483（483 aa）
链 C
1–483（483 aa）
链 D
1–483（483 aa）
|
突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.52 Å |
| 8R7H Cryo-EM structure of Human SHMT1 提交 2023-11-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–483（483 aa）
链 B
1–483（483 aa）
链 C
1–483（483 aa）
链 D
1–483（483 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.29 Å |
| 8XND Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 1 提交 2023-12-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
11–480（470 aa）
链 D
11–480（470 aa）
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未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.5,30 %(v/v) PEG 300
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分辨率 3.45 Å R-free 0.192 |
| 8XND Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 1 提交 2023-12-29 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
11–480（470 aa）
链 C
11–480（470 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.5,30 %(v/v) PEG 300
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.192 |