当前蛋白身份：P34945
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1SER THE 2.9 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF T. THERMOPHILUS SERYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA SER 提交 1994-02-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–421（421 aa）
链 B
1–421（421 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1SES CRYSTAL STRUCTURES AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF SERYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TWO DIFFERENT ANALOGUES OF SERYL-ADENYLATE 提交 1994-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–421（421 aa）
链 B
1–421（421 aa）
|
未记录 | AHX SERYL-HYDROXAMATE-ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1SET CRYSTAL STRUCTURES AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF SERYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TWO DIFFERENT ANALOGUES OF SERYL-ADENYLATE 提交 1994-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–421（421 aa）
链 B
1–421（421 aa）
|
未记录 | SSA 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.55 Å |
| 1SRY REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE SERYL-TRNA SYNTHETASE FROM THERMUS THERMOPHILUS AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-08-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–421（421 aa）
链 B
1–421（421 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 3ERR Microtubule binding domain from mouse cytoplasmic dynein as a fusion with seryl-tRNA synthetase 提交 2008-10-03 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
94–419（326 aa）
链 B
94–419（326 aa）
|
突变：C3323A, C3387A 突变：C3323A, C3387A | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；Protein was changed into crystallization buffer (20mM K-HEPES, pH7.5, 10% w/v glycerol, 0.2mM PMSF, 1mM DTT, 4mM Mg-ATP, 0.01% Na-Azide) and concentrated to 18 mg/ml. Crystallization was carried out by setting hanging drops containing 2 ul of protein, (diluted to 13.5mg/ml with 20mM K-Hepes, pH 7.5, 10% glycerol), 0.3 ul 70% glycerol and 1.8 ul of precipitant (20% PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 5.5) over 500ml of the same precipitant solution. Crystals appeared within one day and were of dimensions up to 200 um., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.247 |
| 5EIU Mini TRIM5 B-box 2 dimer C2 crystal form 提交 2015-10-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
49–78（30 aa）
片段：TRIM5 B-box 2
链 D
49–78（30 aa）
片段：TRIM5 B-box 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M Tris 7.0, 0.2M NaCl, 28% PEG3350, + (0.025% w/v Ala-ala, 0.025% w/v Ala-gly, 0.025% w/v Gly-gly-gly-gly, 0.025% w/v Leu-gly-gly from silver bullet)
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.217 |
| 5EIU Mini TRIM5 B-box 2 dimer C2 crystal form 提交 2015-10-30 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–78（30 aa）
片段：TRIM5 B-box 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M Tris 7.0, 0.2M NaCl, 28% PEG3350, + (0.025% w/v Ala-ala, 0.025% w/v Ala-gly, 0.025% w/v Gly-gly-gly-gly, 0.025% w/v Leu-gly-gly from silver bullet)
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.217 |
| 5EIU Mini TRIM5 B-box 2 dimer C2 crystal form 提交 2015-10-30 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
49–78（30 aa）
片段：TRIM5 B-box 2
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M Tris 7.0, 0.2M NaCl, 28% PEG3350, + (0.025% w/v Ala-ala, 0.025% w/v Ala-gly, 0.025% w/v Gly-gly-gly-gly, 0.025% w/v Leu-gly-gly from silver bullet)
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.217 |
| 5F7T TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2015-12-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M NaAcetate 4.6, 0.2M CaAcetate, 23% PEG 3350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.256 |
| 5F7T TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2015-12-08 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M NaAcetate 4.6, 0.2M CaAcetate, 23% PEG 3350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.256 |
| 5F7T TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2015-12-08 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M NaAcetate 4.6, 0.2M CaAcetate, 23% PEG 3350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.256 |
| 5F7T TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2015-12-08 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1M NaAcetate 4.6, 0.2M CaAcetate, 23% PEG 3350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.256 |
| 5IEA TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2016-02-25 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
49–78（30 aa）
链 B
49–78（30 aa）
链 D
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；310 K；0.1 M HEPES pH 6.6
0.25 M NaCl
25% PEG 3350
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.304 |
| 5IEA TRIM5 B-box2 and coiled-coil chimera 提交 2016-02-25 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
49–78（30 aa）
链 F
49–78（30 aa）
链 K
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；310 K；0.1 M HEPES pH 6.6
0.25 M NaCl
25% PEG 3350
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.304 |
| 5VA4 TRIM-Cyclophilin A B-box 2 and coiled-coil chimera 提交 2017-03-24 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
49–78（30 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；17% PEG 3350, 0.4 M sodium/potassium tartrate
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.287 |
| 9QRP Thermus thermophilus seryl-tRNA synthetase bound to tRNA(ser)(GGA) and seryl-adenylate analogue. 提交 2025-04-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–421（421 aa）
链 B
1–421（421 aa）
|
未记录 | SSA 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；10 microliter hanging
drops containing 25 mM Tris-maleate/NaOH buffer at
pH 7.2,2.5 mM MgC12,20% saturated (V/V) ammonium
sulphate, 1 mM NaN3, 2.6 mg/ml tRNA(ser) and 5.6
mg/ml seryl-tRNA synthetase (stoichiometric ratio of
1.5 tRNA molecules to one enzyme dimer), were equil-
ibrated at room temperature against 32% saturated ammonium sulphate.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.230 |