当前蛋白身份：P35729
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
链 B
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C 突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
链 D
1–729（729 aa）
片段：UNP residues 1-729
|
突变：S207C 突变：S207C | HG MERCURY (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–729（729 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–729（729 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–729（729 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–729（729 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 3HXR Nucleoporin Nup120 from S.cerevisiae (aa 1-757) 提交 2009-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–757（757 aa）
片段：UNP residues 1-757
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.299 |
| 4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 E
2–1037（1036 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
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分辨率 7.38 Å R-free 0.353 |
| 4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 E
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
|
分辨率 7.60 Å R-free 0.347 |
| 6X06 Nup120 (aa1-757) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN11 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–757（757 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；19% PEG 8,000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M Tris/HCl pH 8.5
|
分辨率 4.27 Å R-free 0.359 |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric（136） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 l
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 l
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 l
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric（448） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 h
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 h
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 h
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 a
1–1037（1037 aa）
链 l
1–1037（1037 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 8.10 Å |