当前蛋白身份：P40343
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
301–320（20 aa）
片段：Residues 301-320
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.224 |
| 1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
301–320（20 aa）
片段：Residues 301-320
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.224 |
| 1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
301–320（20 aa）
片段：Residues 301-320
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.224 |
| 1Q0V Solution Structure of Tandem UIMs of Vps27 提交 2003-07-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
249–329（81 aa）
片段：Tandem UIM
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成
1 mM Vps27 UIM U-15N | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM Vps27 UIM U-15N,U-13C | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
256–279（24 aa）
片段：Amino-terminal UIM, residues 256 to 278
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 1VFY PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PROTEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1999-04-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
163–230（68 aa）
片段：163-229, FYVE DOMAIN
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突变：6 RESIDUES (EFIVTD) INSERTED AT C-TERMINUS | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15% PEG 4000, pH 5.6
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分辨率 1.15 Å R-free 0.181 |
| 2KDI Solution structure of a Ubiquitin/UIM fusion protein 提交 2009-01-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
258–277（20 aa）
片段：UIM 1
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.103；压力 ambient
NMR样品组成
1.24 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-1, 3 mM sodium azide-2, 20 mM sodium phosphate-3, 50 mM sodium chloride-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.1 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-5, 3 mM sodium azide-6, 20 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-9, 3 mM sodium azide-10, 20 mM sodium phosphate-11, 50 mM sodium chloride-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 V
348–438（91 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.285 |
| 2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 V
348–438（91 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.285 |
| 3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
445–453（9 aa）
片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.203 |
| 3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
445–453（9 aa）
片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.203 |
| 6NJG Ubiquitin Variant in Complex with Ubiquitin Interacting Motif 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
256–278（23 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
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分辨率 2.35 Å R-free 0.244 |