当前蛋白身份：P41743
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1VD2 Solution Structure of the PB1 domain of PKCiota 提交 2004-03-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
16–99（84 aa）
片段：PB1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成
1mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1WMH Crystal structure of a PB1 domain complex of Protein kinase c iota and Par6 alpha 提交 2004-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
16–99（84 aa）
片段：PB1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；sodium formate, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.224 |
| 1ZRZ Crystal Structure of the Catalytic Domain of Atypical Protein Kinase C-iota 提交 2005-05-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
224–587（364 aa）
片段：catalytic domain, residues 224-587
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BI1 3-{1-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-1H-INDOL-3-YL}-4-(1H-INDOL-3-YL)-1H-PYRROLE-2,5-DIONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, sodium acetate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.333 |
| 3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.301 |
| 3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.301 |
| 3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
链 B
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.301 |
| 3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
链 B
249–588（340 aa）
片段：UNP residues 249-588
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
248–596（349 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.257 |
| 3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
248–596（349 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.257 |
| 3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
248–596（349 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.257 |
| 5LI1 Structure of a Par3-inhibitory peptide bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–596（349 aa）
片段：UNP residues 246-589
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.217 |
| 5LI9 Structure of a nucleotide-bound form of PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
248–596（349 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 FMT FORMIC ACID × 7 IMD IMIDAZOLE × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；25% Morpheus precipitant mix 4, 10% Morpheus Carboxylic acids, Morpheus Buffer system 1
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.231 |
| 5LIH Structure of a peptide-substrate bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–596（349 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MN MANGANESE (II) ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.284 |
| 5LIH Structure of a peptide-substrate bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
248–596（349 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.284 |
| 6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
249–588（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.348 |
| 6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
249–588（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.348 |
| 6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
249–588（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.348 |
| 6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
249–588（340 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.348 |
| 8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
241–596（356 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition:
25% (v/v) MPD,
25% (v/v) PEG 1000,
25% (v/v) PEG 3350,
0.3 M NaNO3,
0.3 M Na2HPO4,
0.3 M (NH4)2SO4,
0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.269 |
| 8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
241–596（356 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition:
25% (v/v) MPD,
25% (v/v) PEG 1000,
25% (v/v) PEG 3350,
0.3 M NaNO3,
0.3 M Na2HPO4,
0.3 M (NH4)2SO4,
0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.269 |
| 8R3Y Cryo EM structure of a stable LGL/aPKC Iota/Par-6 complex 提交 2023-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
248–585（338 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 ul of aPKCiota-Par6-Llgl1 complex at a concentration of 0.4 mg/ml was applied to R1.2/1.3 Quantifoil 300 mesh copper grids which had been glow-discharged for 45 s at 45 mA . Grids were blotted for 2.5 s at 100% humidity using an FEI Vitrobot MK IV.
|
分辨率 3.68 Å |
| 9EJK Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6b complex in nucleotide-free form. Head sub-complex region subtracted 提交 2024-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–596（596 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 9EJL Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in nucleotide-free form. Conformation with visible head sub-complex. 提交 2024-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–596（596 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 9EJM Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in its ADP-bound form 提交 2024-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–596（596 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |