当前蛋白身份：P46673
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–564（564 aa）
片段：UNP residues 1-564
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.369 |
| 3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–564（564 aa）
片段：UNP residues 1-564
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.369 |
| 3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–564（564 aa）
片段：UNP residues 1-564
链 D
1–564（564 aa）
片段：UNP residues 1-564
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.369 |
| 3F3F Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21 提交 2008-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 D
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 G
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 H
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 10000, MES buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 3F3G Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P212121 提交 2008-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 D
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 G
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 H
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Sodium citrate, Sodium chloride, Tris-HCl buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.272 |
| 3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 D
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.281 |
| 3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 H
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.281 |
| 3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
链 L
1–570（570 aa）
片段：UNP residues 1-570
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.281 |
| 4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
44–744（701 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
|
分辨率 7.38 Å R-free 0.353 |
| 4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 D
73–743（671 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
|
分辨率 7.60 Å R-free 0.347 |
| 6X08 Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–564（564 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol
|
分辨率 4.19 Å R-free 0.346 |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric（136） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 m
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 m
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 m
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric（448） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 i
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 i
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 i
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 b
1–744（744 aa）
链 m
1–744（744 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 8.10 Å |