当前蛋白身份：P47112
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–438（437 aa）
片段：UNP residues 2-438
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–438（437 aa）
片段：UNP residues 2-438
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
2–438（437 aa）
片段：UNP residues 2-438
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 5MEA Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 2. 提交 2016-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–438（438 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10.5% PEG 8K, 18% glycerol, 0.5M lithium sulphate
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.249 |
| 5MEB Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain 提交 2016-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
495–604（110 aa）
片段：UNP residues 495-604
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, 1.8M ammonium sulphate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 5MEB Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain 提交 2016-11-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
495–604（110 aa）
片段：UNP residues 495-604
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, 1.8M ammonium sulphate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 5MEC Crystal structure of yeast Cdt1 middle domain (residues 294-433) 提交 2016-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–438（167 aa）
片段：UNP residues 272-438
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BTP pH 5.5, 2M ammonium sulphate
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分辨率 2.13 Å R-free 0.244 |
| 5V8F Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1 提交 2017-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–604（604 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 5XF8 Cryo-EM structure of the Cdt1-MCM2-7 complex in AMPPNP state 提交 2017-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 C
1–604（604 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.10 Å |
| 6WGG Atomic model of pre-insertion mutant OCCM-DNA complex(ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation) 提交 2020-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–604（604 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.10 Å |
| 6WGI Atomic model of the mutant OCCM (ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation) loaded on DNA at 10.5 A resolution 提交 2020-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–604（604 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 9GJP OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm5: Conformer 2 提交 2024-08-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–604（604 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9GJW OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm2 提交 2024-08-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–604（604 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9GM5 OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm5: Conformer 1 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–604（604 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |