当前蛋白身份：P49336
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3RGF Crystal Structure of human CDK8/CycC 提交 2011-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 4CRL Crystal structure of human CDK8-Cyclin C in complex with cortistatin A 提交 2014-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-403
|
未记录 | C1I CORTISTATIN A × 1 FMT FORMIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 4F6S Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea) 提交 2012-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SQ 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 4F6U Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 5 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea) 提交 2012-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SR 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 FMT FORMIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.198 |
| 4F6W Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 1 (N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide) 提交 2012-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SS N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 FMT FORMIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.234 |
| 4F70 Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea) 提交 2012-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0ST 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.239 |
| 4F7J Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea) 提交 2012-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SU 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.276 |
| 4F7L Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 2 (tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate) 提交 2012-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SO tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.270 |
| 4F7N Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 11 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea) 提交 2012-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SV 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.228 |
| 4F7S Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 0SW N-(2-phenylethyl)quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.222 |
| 4G6L Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.266 |
| 5BNJ CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH 8-{3-Chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-phenyl]-pyridin- 4-yl}-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：KINASE DOMAIN, residues 3-405
|
未记录 | 4TV 8-{3-chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]pyridin-4-yl}-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9,
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.273 |
| 5CEI Crystal structure of CDK8:Cyclin C complex with compound 22 提交 2015-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 7 50R 4-(4-iodophenoxy)-N-methylthieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.227 |
| 5FGK CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-(3-Amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro- pyridine-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
|
未记录 | 5XG 8-[3-(3-azanyl-2~{H}-indazol-6-yl)-5-chloranyl-pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 0；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.237 |
| 5HBE CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one 提交 2015-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
|
未记录 | 5Y6 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.256 |
| 5HBH CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 5-{5-Chloro-4-[1-(2-methoxy-ethyl)-1,8-diaza-spiro[4.5]dec-8-yl]-pyridin-3-yl}-1-methyl-1,3-dihydro-benzo[c]isothiazole 2,2-dioxide 提交 2015-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
|
未记录 | 5Y7 5-[5-chloranyl-4-[1-(2-methoxyethyl)-1,8-diazaspiro[4.5]decan-8-yl]pyridin-3-yl]-1-methyl-3~{H}-2,1-benzothiazole 2,2-dioxide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.268 |
| 5HBJ CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[2-Amino-3-chloro-5-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-362
|
未记录 | 5Y8 8-[2-azanyl-3-chloranyl-5-(1-methylindazol-5-yl)pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 5HNB CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [6-Hydroxy-3-(3-methyl-benzyl)-1H-indazol-5-yl]-((S)-3-hydroxy-pyrrolidin-1-yl)-methanone 提交 2016-01-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
|
未记录 | 62M [6-hydroxy-3-(3-methylbenzyl)-1H-indazol-5-yl][(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.252 |
| 5HVY CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 20 提交 2016-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
片段：UNP residues 1-403
|
未记录 | 66X N-{(3S)-1-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl}-N'-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}urea × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.220 |
| 5I5Z CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-(1-Methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-[1,6]naphthyridine-2-carboxylic acid methylamide 提交 2016-02-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
|
未记录 | 68U N-methyl-8-(1-methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2lambda~6~,1-benzothiazol-5-yl)-1,6-naphthyridine-2-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.274 |
| 5ICP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone 提交 2016-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
|
未记录 | 69Z [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](5-methylimidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.216 |
| 5IDN CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-methanone 提交 2016-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–364（364 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
|
未记录 | 6A7 [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.253 |
| 5IDP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH (3-Amino-1H-indazol-5-yl)-[(S)-2-(4-fluoro-phenyl)-piperidin-1-yl]-methanone 提交 2016-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–364（364 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
|
未记录 | 6A6 (3-amino-1H-indazol-5-yl)[(2S)-2-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.272 |
| 5XQX Human CDK8-CYCC in complex with compound 4: N-methyl-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–371（371 aa）
片段：UNP residues 1-371
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 8CC N-methyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 5XS2 CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 17:3-chloro-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–371（371 aa）
片段：UNP residues 1-371
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 8D6 3-chloranyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES
pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.225 |
| 6QTG Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI-1347 提交 2019-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
|
未记录 | JH8 2-[4-(4-isoquinolin-4-ylphenyl)pyrazol-1-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4
10 mmol/L Morpheus Buffer System 1
100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 6QTJ Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI 919811 提交 2019-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
|
未记录 | JHK ~{N},~{N}-dimethyl-2-[4-[4-(2,6-naphthyridin-4-yl)phenyl]pyrazol-1-yl]ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4
10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix
2% DMSO
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.220 |
| 6R3S CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 提交 2019-03-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
|
未记录 | JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.227 |
| 6T41 CDK8/Cyclin C in complex with N-(4-chlorobenzyl)isoquinolin-4-amine 提交 2019-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–404（404 aa）
|
未记录 | MFE ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%(w/v) PEG-3350 and 0.2 M sodium formate
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.256 |
| 6TPA CDK8/CyclinC in complex with drug ETP-50775 提交 2019-12-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
|
未记录 | NZ8 1-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-oxidanylidene-6-pyridin-4-yl-pyrido[2,3-b][1,5]benzoxazepin-9-yl)urea × 1 FMT FORMIC ACID × 12 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 200mM NaFormate, 3% Butanediol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.264 |
| 6Y0A CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH BI00690300 提交 2020-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
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未记录 | JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 0.2 M sodium formate
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.227 |
| 8TQ2 Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–464（464 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 8TQC Structure of the human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–464（464 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 8TQW Structure of human transcriptional Mediator complex 提交 2023-08-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric（29） 与蛋白数一致 |
链 a
1–464（464 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 8.20 Å |
| 9H8C Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9 提交 2024-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
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分辨率 2.57 Å R-free 0.262 |
| 9H8S Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 提交 2024-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–403（403 aa）
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 A1ITF 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
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分辨率 2.16 Å R-free 0.248 |