当前蛋白身份：P49916
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10YE DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL0 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
474–681（208 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 10YF DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL-2 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
474–681（208 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YG DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-4 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
474–681（208 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YH DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
474–681（208 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 10YI XRCC1-DNA Ligase IIIa complex bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
474–681（208 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 1IMO NMR STRUCTURE OF HUMAN DNA LIGASE IIIALPHA BRCT DOMAIN 提交 2001-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
835–922（88 aa）
片段：BRCT DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4-1.0 mM；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM NaH2PO4, 150 mM NaCl, 25 mM d10-DTTT | 90-95% H2O and 10-5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1IN1 NMR STRUCTURE OF HUMAN DNA LIGASE IIIALPHA BRCT DOMAIN 提交 2001-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
835–922（88 aa）
片段：BRCT DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4-1.0 mM；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM NaH2PO4, 150 mM NaCl, 25 mM d10-DTT | 90-95% H2O and 10-5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1UW0 Solution structure of the zinc-finger domain from DNA ligase IIIa 提交 2004-01-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
片段：ZINC-FINGER DOMAIN, RESIDUES 1-117
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；300 K；压力 1
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分辨率未提供 |
| 3L2P Human DNA Ligase III Recognizes DNA Ends by Dynamic Switching Between Two DNA Bound States 提交 2009-12-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
257–833（577 aa）
片段：UNP residues 257-833
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；295 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.271 |
| 3PC7 X-ray crystal structure of the DNA ligase III-alpha BRCT domain. 提交 2010-10-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
924–1009（86 aa）
片段：unp residues 924-1009
|
突变：C842S, C921S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；25 % polyethylene glycol 3350, 0.1 M BisTris, 0.25 M ammonium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 3PC7 X-ray crystal structure of the DNA ligase III-alpha BRCT domain. 提交 2010-10-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
924–1009（86 aa）
片段：unp residues 924-1009
|
突变：C842S, C921S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；25 % polyethylene glycol 3350, 0.1 M BisTris, 0.25 M ammonium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 3PC8 X-ray crystal structure of the heterodimeric complex of XRCC1 and DNA ligase III-alpha BRCT domains. 提交 2010-10-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
链 D
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
突变：C842S, C921S 突变：C842S, C921S | MG MAGNESIUM ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris, and 0.2 M MgCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.246 |
| 3PC8 X-ray crystal structure of the heterodimeric complex of XRCC1 and DNA ligase III-alpha BRCT domains. 提交 2010-10-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
突变：C842S, C921S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris, and 0.2 M MgCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.246 |
| 3PC8 X-ray crystal structure of the heterodimeric complex of XRCC1 and DNA ligase III-alpha BRCT domains. 提交 2010-10-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
突变：C842S, C921S | MG MAGNESIUM ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris, and 0.2 M MgCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.246 |
| 3QVG XRCC1 bound to DNA ligase 提交 2011-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
链 C
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M NaAcetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.270 |
| 3QVG XRCC1 bound to DNA ligase 提交 2011-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M NaAcetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.270 |
| 3QVG XRCC1 bound to DNA ligase 提交 2011-02-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
924–1008（85 aa）
片段：unp residues 924-1008
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M NaAcetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.270 |
| 6WH1 Structure of the complex of human DNA ligase III-alpha and XRCC1 BRCT domains 提交 2020-04-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
932–1009（78 aa）
片段：BRCT domain
|
突变：C922S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；8-10% isopropanol and 0.1M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.272 |