当前蛋白身份：P49917
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1IK9 CRYSTAL STRUCTURE OF A XRCC4-DNA LIGASE IV COMPLEX 提交 2001-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
748–784（37 aa）
片段：LINKER CONNECTING BRCT DOMAINS, RESIDUES 748-784
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG6000, MES, xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 2E2W Solution structure of the first BRCT domain of human DNA ligase IV 提交 2006-11-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
654–759（106 aa）
片段：BRCT domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.23mM uniformly 13C and 15N labelled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
|
分辨率未提供 |
| 3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
654–911（258 aa）
片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium
chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.280 |
| 3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
654–911（258 aa）
片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium
chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.280 |
| 3VNN Crystal Structure of a sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain of human DNA ligase IV 提交 2012-01-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
268–406（139 aa）
片段：A sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain, UNP residues 268-405
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；7.5% PEG 6000, 100mM MES, 0.01mg/ml papain, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.305 |
| 3W1B Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Mercury Derivative) 提交 2012-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–609（609 aa）
片段：Catalytic region, UNP residues 1-609
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 10 HG MERCURY (II) ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.225 |
| 3W1G Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Native) 提交 2012-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–609（609 aa）
片段：Catalytic region, UNP residues 1-609
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.234 |
| 3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–609（609 aa）
片段：catalytic region, UNP residues 1-609
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–609（609 aa）
片段：catalytic region, UNP residues 1-609
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 4HTO Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV Apo form 提交 2012-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
片段：DNA binding domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.259 |
| 4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
片段：DNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.249 |
| 4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–240（240 aa）
片段：DNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.249 |
| 6BKF Lysyl-adenylate form of human LigIV catalytic domain with bound DNA substrate in open conformation 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–620（620 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；76.5mM HEPES pH 7.5, 15.3% PEG 4K, 7.65% isopropanol, 13.5% glycerol, 10mM MgCl2
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.316 |
| 6BKG Human LigIV catalytic domain with bound DNA-adenylate intermediate in closed conformation 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–620（620 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；78.2mM HEPES pH 7.5, 15.64% PEG4000, 7.82% isopropanol, 13.8% glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.245 |
| 7D9K DNA binding domain of human DNA Ligase IV - Wild type 提交 2020-10-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
片段：DNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 5% Methanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.299 |
| 7D9Y DNA binding domain of human DNA Ligase IV mutant - A3V 提交 2020-10-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
|
突变：A3V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.125 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 7.5% Methanol
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.276 |
| 7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–911（911 aa）
链 Y
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.40 Å |
| 7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–911（911 aa）
链 Y
1–911（911 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–911（911 aa）
链 P
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.14 Å |
| 7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.29 Å |
| 8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–911（911 aa）
链 R
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–911（911 aa）
链 P
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.51 Å |
| 8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–911（911 aa）
链 R
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.33 Å |
| 8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–911（911 aa）
链 P
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.76 Å |
| 8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–911（911 aa）
链 Y
1–911（911 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.39 Å |
| 8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–911（911 aa）
链 Y
1–911（911 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–911（911 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–911（911 aa）
链 f
1–911（911 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |