当前蛋白身份：P59226
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4IUR crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2013-01-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3(1-15) K9me3 peptide (unp residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 4IUT crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide 提交 2013-01-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3(1-15) K9me2 peptide (unp residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 4IUU Crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me1 peptide 提交 2013-01-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3(1-15) K9me1 peptide (unp residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.269 |
| 4IUV crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide 提交 2013-01-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3(1-15)K4me1K9me1 peptide (unp residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.253 |
| 5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
22–36（15 aa）
片段：residues 22-36
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.281 |
| 5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
22–36（15 aa）
片段：residues 22-36
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.281 |
| 5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
24–37（14 aa）
片段：residues 24-37
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
24–37（14 aa）
片段：residues 24-37
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 5YKO Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ14 catalytic domain in complex with NOG and H3K4me3 peptide 提交 2017-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–11（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Na2SO4, 20% PEG 3350, 0.1M bis-tris propane, pH 6.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.244 |
| 5Z8L crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
21–36（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M sodium acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 R
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
| 5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
| 5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
21–37（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.232 |
| 5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
21–37（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.232 |
| 5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.211 |
| 5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.211 |
| 6IP4 Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide 提交 2018-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
25–36（12 aa）
片段：UNP residues 25-36
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.246 |
| 6LQE Crystal structure of Arabidopsis ARID5 PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2020-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 300
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.241 |
| 6LQF Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in complex with H3K4me3 peptide and DNA 提交 2020-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 15% MPD
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 7CCE crystal structure of Arabidopsis AIPP3 BAH domain in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2020-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
21–38（18 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, and 2.4 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.266 |
| 7DE9 crystal structure of Arabidopsis RDM15 tudor domain in complex with an H3K4me1 peptide 提交 2020-11-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG 1000
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.202 |
| 7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 W
2–46（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6
|
分辨率 3.17 Å R-free 0.318 |
| 7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 X
2–46（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6
|
分辨率 3.17 Å R-free 0.318 |
| 7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.271 |
| 7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.271 |
| 7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 R
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.271 |
| 8J90 Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex 提交 2023-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.71 Å |
| 8J91 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana histones 提交 2023-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8J92 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana H2A.W 提交 2023-05-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
25–32（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.212 |
| 8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
25–32（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.212 |
| 8KCB Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 8KCC Complex of DDM1-nucleosome(H2A.W) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8WH5 Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state 提交 2023-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8WH8 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state 提交 2023-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8WH9 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state 提交 2023-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 8WHA Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 提交 2023-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 8WHB Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana 提交 2023-09-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9K43 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.87 Å |
| 9M4R crystal structure of Arabidopsis thaliana ING1 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–11（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40% PEG400, 5% PEG3000, and 0.1M MES, pH 6.0
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分辨率 1.70 Å R-free 0.200 |
| 9M4S crystal structure of Arabidopsis thaliana ING2 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–11（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M NiCl2, 20% PEG2000 MME, and 0.1M Tris, pH 8.5
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分辨率 1.60 Å R-free 0.225 |