当前蛋白身份：P61864
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1OTR Solution Structure of a CUE-Ubiquitin Complex 提交 2003-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 | 99.996% D2O
NMR样品组成
1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 | 99.996% D2O
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分辨率未提供 |
| 1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 1WR1 The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin 提交 2004-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride
NMR样品组成
U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM) | 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O
NMR样品组成
U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM) | 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O
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分辨率未提供 |
| 1ZGU Solution structure of the human Mms2-Ubiquitin complex 提交 2005-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
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突变：K48R | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件
pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
[U-15N; U-10% 13C]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 | 90% H20 : 10% D20
NMR样品组成
[U-13C; U-15N]-Ubiquitin + hMms2 (4:1 ratio) 90% H20 : 10% D20 | 90% H20 : 10% D20
NMR样品组成
[U-13C; U-15N]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 | 90% H20 : 10% D20
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分辨率未提供 |
| 1ZW7 Elimination of the C-cap in Ubiquitin Structure, Dynamics and Thermodynamic Consequences 提交 2005-06-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
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突变：R42E, E34P | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）30 mM actate；压力 Ambient
NMR样品组成
1-2 mM of appropriately labeled mutant ubiquitin | 30 mM acetate buffer, pH 5.0
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分辨率未提供 |
| 2G3Q Solution Structure of Ede1 UBA-ubiquitin complex 提交 2006-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Sodium Phosphate；压力 1
NMR样品组成
1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 2JT4 Solution Structure of the Sla1 SH3-3-Ubiquitin Complex 提交 2007-07-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：SH3 domain sequence database residues 350-420
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 2JWZ Mutations in the hydrophobic core of ubiquitin differentially affect its recognition by receptor proteins 提交 2007-10-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
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突变：L69S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
2 mM [U-100% 15N] L69S UBIQUITIN, 2 mM L69S UBIQUITIN, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 2L00 Solution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 domain with ubiquitin 提交 2010-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：ubiquitin core domain
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
4 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-7, 50 uM Zinc-8, 4 mM MTSL-9, 5 mM TRIS-10, 50 mM sodium chloride-11, 4 mM ubiquitin-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-13, 50 uM Zinc-14, 0.1 mM DSS-15, 5 mM TRIS-16, 50 mM sodium chloride-17, 2 mM ubiquitin-18, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-19, 50 uM Zinc-20, 0.1 mM DSS-21, 5 mM TRIS-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % Polyacrylamide gel-24, 4 mM ubiquitin-25, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
4 mM ZNF216-A20-26, 50 uM Zinc-27, 0.1 mM DSS-28, 5 mM TRIS-29, 50 mM sodium chloride-30, 5 % Polyacrylamide gel-31, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-32, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2 mM ZNF216-A20-33, 50 uM Zinc-34, 0.1 mM DSS-35, 5 mM TRIS-36, 50 mM sodium chloride-37, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-38, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-39, 50 uM Zinc-40, 0.1 mM DSS-41, 5 mM TRIS-42, 50 mM sodium chloride-43, 4 mM ubiquitin-44, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
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未记录 | PRO PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
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未记录 | PRO PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 3L0W Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position two 提交 2009-12-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：ubi-C fragment
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.80 Å R-free 0.314 |
| 3L10 Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position one 提交 2009-12-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：Ubi-C fragment
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.80 Å R-free 0.314 |