当前蛋白身份：P62806
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1F66 2.6 A CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE VARIANT HISTONE H2A.Z 提交 2000-06-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.249 |
| 2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
2–21（20 aa）
片段：RESIDUES 2-21
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.261 |
| 2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
2–21（20 aa）
片段：RESIDUES 2-21
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.261 |
| 4AU7 The structure of the Suv4-20h2 ternary complex with histone H4 提交 2012-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
18–26（9 aa）
片段：RESIDUES 18-26
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.240 |
| 4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
15–26（12 aa）
片段：UNP residues 15-26
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
15–26（12 aa）
片段：UNP residues 15-26
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 5B1L The mouse nucleosome structure containing H3t 提交 2015-12-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.243 |
| 5B1M The mouse nucleosome structure containing H3.1 提交 2015-12-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.259 |
| 5XM0 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3.3, and H4 提交 2017-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.255 |
| 5XM1 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3mm7, and H4 提交 2017-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.254 |
| 7DBH The mouse nucleosome structure containing H3mm18 提交 2020-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VBM The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv 提交 2021-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8PKI Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 提交 2023-06-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |