当前蛋白身份：P62820
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2FOL Crystal structure of human RAB1A in complex with GDP 提交 2006-01-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
5–176（172 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.252 |
| 2WWX Crystal structure of the SidM/DrrA(GEF/GDF domain)-Rab1(GTPase domain) complex 提交 2009-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4–178（175 aa）
片段：GTPASE DOMAIN, RESIDUES 4-178
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.231 |
| 3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–177（177 aa）
片段：small GTPase domain, residues 1-177
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.266 |
| 3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–177（177 aa）
片段：small GTPase domain, residues 1-177
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.266 |
| 3SFV Crystal structure of the GDP-bound Rab1a S25N mutant in complex with the coiled-coil domain of LidA from Legionella pneumophila 提交 2011-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–176（176 aa）
片段：residues 1-176
|
突变：S25N | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；293 K；28% Jeffamin ED-2001, 0.1M sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.228 |
| 3TKL Crystal structure of the GTP-bound Rab1a in complex with the coiled-coil domain of LidA from Legionella pneumophila 提交 2011-08-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–191（191 aa）
片段：UNP residues 1-191
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 25% PEG3350, 0.7% butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
6–176（171 aa）
链 D
6–176（171 aa）
链 F
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
6–176（171 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.277 |
| 4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.277 |
| 4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
14–115（102 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.277 |
| 4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.266 |
| 4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.266 |
| 4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
13–176（164 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.266 |
| 4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.249 |
| 4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
6–176（171 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.249 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4–177（174 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
4–177（174 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
4–177（174 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 4JVS Crystal structure of LepB GAP domain from Legionella drancourtii in complex with Rab1-GDP and AlF3 提交 2013-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–177（177 aa）
片段：UNP residues 1-177
|
未记录 | ACY ACETIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；298 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris, 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298.0K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.265 |
| 7EQ2 Crystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D 提交 2021-04-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–176（176 aa）
|
突变：T75D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291.15 K；40mM Lithium chloride, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 80mM NaCl, 2mM Hexammine cobalt(III) chloride, 40mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.185 |
| 7EQ2 Crystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D 提交 2021-04-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–176（176 aa）
|
突变：T75D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291.15 K；40mM Lithium chloride, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 80mM NaCl, 2mM Hexammine cobalt(III) chloride, 40mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.185 |
| 9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–205（205 aa）
|
突变：Q70L | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å |
| 9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–205（205 aa）
|
突变：Q70L | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15
|
分辨率 3.20 Å |
| 9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–205（205 aa）
|
突变：Q70L | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |