当前蛋白身份：P63010
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1E42 Beta2-adaptin appendage domain, from clathrin adaptor AP2 提交 2000-06-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
701–937（237 aa）
片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 701-937
|
未记录 | DTD DITHIANE DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.8；WELL SOLUTION: 1.6 - 2.0M MGCL2, 0.1M BICINE PH 8.7 - 9.0, 15% GLYCEROL, 1MM DTT. PROTEIN: 40MG/ML, 5MM HEPES, 50MM NACL, 4MM DTT, 1:1 MIXTURE
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 1E42 Beta2-adaptin appendage domain, from clathrin adaptor AP2 提交 2000-06-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
701–937（237 aa）
片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 701-937
|
未记录 | DTD DITHIANE DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.8；WELL SOLUTION: 1.6 - 2.0M MGCL2, 0.1M BICINE PH 8.7 - 9.0, 15% GLYCEROL, 1MM DTT. PROTEIN: 40MG/ML, 5MM HEPES, 50MM NACL, 4MM DTT, 1:1 MIXTURE
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 2G30 beta appendage of AP2 complexed with ARH peptide 提交 2006-02-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
701–937（237 aa）
片段：residues 701-937
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 8000, 100mM HEPES pH 7.5, 4mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
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分辨率 1.60 Å R-free 0.243 |
| 2IV8 beta appendage in complex with b-arrestin peptide 提交 2006-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
700–937（238 aa）
片段：RESIDUES 700-937
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；0.2M MG FORMATE 30% PEG 3350 OTHER REMARKS: THIS WAS THE ONLY CRYSTAL OBTAINED DESPITE HEROIC ATTEMPTS. THE CRYSTAL WAS HIGHLY MOSAIC, AND EPITAXIALLY SPLIT, LIMITING THE AMOUNT OF DATA WHICH COULD BE COLLECTED., pH 7.40
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.369 |
| 2IV9 B2-appendage from AP2 in complex with Eps15 peptide 提交 2006-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
700–937（238 aa）
片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 700-937
链 B
700–937（238 aa）
片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 700-937
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M AMMONIUM ACETATE PH 4.5
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分辨率 1.90 Å R-free 0.267 |
| 2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.260 |
| 2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–591（591 aa）
片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.260 |
| 2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.256 |
| 2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–591（591 aa）
片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.256 |
| 2VGL AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE 提交 2007-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
片段：1-591
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；18% PEG, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6
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分辨率 2.60 Å R-free 0.339 |
| 2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–592（592 aa）
片段：BETA CHAIN, RESIDUES 1-592
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–592（592 aa）
片段：BETA CHAIN, RESIDUES 1-592
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 4UQI AP2 controls clathrin polymerization with a membrane-activated switch 提交 2014-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–651（651 aa）
片段：BETA 2 SUBUNIT EXTENDED TRUNK DOMAIN, RESIDUES 1-651
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；18% PEG1000, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.259 |
| 5M5R Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to beta2 adaptin clathrin box motif 提交 2016-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
629–637（9 aa）
片段：UNP Residues 629-637
链 D
629–637（9 aa）
片段：UNP Residues 629-637
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；1 uL protein plus peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.94 M sodium malonate pH 6.7
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.205 |
| 6QH5 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core in closed conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–592（592 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；289 K；20% PEG 1000; 100 mM Na+/K+ phosphate buffer (pH 7.2), 200 mM NaCl, and 10 mM DTT
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分辨率 2.56 Å R-free 0.257 |
| 6QH6 AP2 clathrin adaptor core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–592（592 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride
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分辨率 5.00 Å R-free 0.285 |
| 6QH7 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–592（592 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride
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分辨率 3.40 Å R-free 0.248 |
| 6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.9；298 K；15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES
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分辨率 3.00 Å R-free 0.277 |
| 6YAE AP2 core in physiological buffer 提交 2020-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 6YAF AP2 on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide 提交 2020-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–937（937 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.
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分辨率 9.10 Å |
| 6YAH AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides 提交 2020-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–937（937 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.
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分辨率 10.20 Å |
| 6YAI Clathrin with bound beta2 appendage of AP2 提交 2020-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 F
719–951（233 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.
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分辨率 9.20 Å |
| 7OG1 AP2 clathrin adaptor core in complex with cargo peptide and FCHO2 提交 2021-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 BBB
1–591（591 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Crystals of AP-2 in complex with FCHO2 linker and TGN38 peptide, supplemented with 10mM K Na Tartrate, grew in sitting drops with reservoir 0.1M Mg formate dehydrate, 10% to 15% PEG 3350.
The crystals were cryo-protected with 0.1M Mg formate dehydrate, 13% PEG 3350, 18-24% Glycerol and 1mg/ml of peptide.
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分辨率 3.25 Å R-free 0.306 |
| 7OHO Crystal structure of AP2 FCHO2 chimera 提交 2021-05-11 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 BBB
1–542（542 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；18% PEG 12000 0.1M Na/K phosphate pH 6.2 0.2M NaCl 4mM DTT in the presence of 3-fold molar excess of IP6.
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分辨率 2.88 Å R-free 0.273 |
| 7OM8 Beta2 appendage domain of AP2 bound to terminal domains beneath the hub of the 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 15 提交 2021-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
719–951（233 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 uL of sample applied to a grid and blotted for 4.5 s before plunging
|
分辨率 10.50 Å |
| 7Z5C Chimera of AP2 with FCHO2 linker domain as a fusion on Cmu2 subunit 提交 2022-03-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；50% HKT buffer (10mM Hepes, 10mM Tris 120mM potassium acetate pH 7.2) and 50% Core buffer (10mM Tris, 250mM NaCl, pH 8)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |