当前蛋白身份：Q13137
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2MXP Solution structure of NDP52 ubiquitin-binding zinc finger 提交 2015-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
414–446（33 aa）
片段：C-terminal, UNP residues 414-446
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1 mM [U-100% 15N] entity_1-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1.2 mM entity_1-4, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–141（121 aa）
片段：UNP residues 21-141
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.189 |
| 3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
21–141（121 aa）
片段：UNP residues 21-141
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.189 |
| 3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–141（121 aa）
片段：UNP residues 21-141
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 4GXL The crystal structure of Galectin-8 C-CRD in complex with NDP52 提交 2012-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
368–381（14 aa）
片段：UNP residues 368-381
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.216 |
| 4HAN Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide 提交 2012-09-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
372–385（14 aa）
片段：UNP residues 372-385
链 D
372–385（14 aa）
片段：UNP residues 372-385
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.214 |
| 4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
414–446（33 aa）
片段：Zinc finger, UNP residues 414-446
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.243 |
| 4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
414–446（33 aa）
片段：Zinc finger, UNP residues 414-446
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.243 |
| 5AAQ TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy 提交 2015-07-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
388–446（59 aa）
片段：UNP RESIDUES 388-446
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0
NMR样品组成
95% WATER/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–126（126 aa）
片段：UNP residues 1-126
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.263 |
| 5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–126（126 aa）
片段：UNP residues 1-126
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.263 |
| 5Z7L Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
10–126（117 aa）
片段：UNP residues 10-126
链 B
10–126（117 aa）
片段：UNP residues 10-126
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350,sodium malonate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.222 |
| 7EAA crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2021-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
10–141（132 aa）
链 B
10–141（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |