当前蛋白身份：Q13426
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1FU1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN XRCC4 提交 2000-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–203（203 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
链 B
1–203（203 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
|
突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACY ACETIC ACID × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, magnesium acetate, DTT, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 1FU1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN XRCC4 提交 2000-09-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–203（203 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
链 B
1–203（203 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
|
突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACY ACETIC ACID × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, magnesium acetate, DTT, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 1IK9 CRYSTAL STRUCTURE OF A XRCC4-DNA LIGASE IV COMPLEX 提交 2001-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–213（213 aa）
片段：XRCC4 FRAGMENT, RESIDUES 1-213
链 B
1–213（213 aa）
片段：XRCC4 FRAGMENT, RESIDUES 1-213
|
突变：C93A,C128A,C130A,C165A 突变：C93A,C128A,C130A,C165A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG6000, MES, xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–203（203 aa）
片段：residues 1-203
链 B
1–203（203 aa）
片段：residues 1-203
|
突变：A60E, I134T 突变：A60E, I134T | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium
chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.280 |
| 3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–203（203 aa）
片段：residues 1-203
链 D
1–203（203 aa）
片段：residues 1-203
|
突变：A60E, I134T 突变：A60E, I134T | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium
chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.280 |
| 3MUD Structure of the Tropomyosin Overlap Complex from Chicken Smooth Muscle 提交 2010-05-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–137（136 aa）
链 B
2–137（136 aa）
|
突变：I134T, L249N,I134T 突变：I134T, L249N,I134T | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18% MePEG 2000, 100 mM Bis-Tris, 120 mM MgSO4
, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.250 |
| 3Q4F Crystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex 提交 2010-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
链 H
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；9% v/v MPD, 50 mM MgSO4, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.309 |
| 3Q4F Crystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex 提交 2010-12-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
链 D
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；9% v/v MPD, 50 mM MgSO4, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.309 |
| 3RWR Crystal structure of the human XRCC4-XLF complex 提交 2011-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
链 B
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
链 F
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
链 G
1–157（157 aa）
片段：unp residues 1-157
|
未记录 | TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8M Ammonium citrate, pH 8.0, 20 mM Barium chloride dihydrate, 400 mM sodium thiocyanate, 0.5 mM tantalum bromide, 60% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.326 |
| 3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–140（140 aa）
链 B
1–140（140 aa）
链 E
1–140（140 aa）
链 F
1–140（140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
|
分辨率 3.97 Å R-free 0.369 |
| 3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–140（140 aa）
链 B
1–140（140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
|
分辨率 3.97 Å R-free 0.369 |
| 3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–140（140 aa）
链 F
1–140（140 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
|
分辨率 3.97 Å R-free 0.369 |
| 3W03 XLF-XRCC4 complex 提交 2012-10-17 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–164（164 aa）
片段：UNP residues 1-164
链 D
1–164（164 aa）
片段：UNP residues 1-164
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Tris pH7.5, 2M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 8.49 Å R-free 0.360 |
| 4XA4 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 3 of MYH7 提交 2014-12-12 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-147,UNP P12883 residues 1551-1609
链 B
2–147（146 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-147,UNP P12883 residues 1551-1609
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% (w/v) polyethylene glycol 1500, 250 mM tetramethylammonium chloride, 100 mM 3-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]propanesulfonic acid (HEPPS)
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.274 |
| 5CHX Crystal Structure of amino acids 1590-1657 of MYH7 提交 2015-07-10 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–143（142 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
链 B
2–143（142 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；16% (w/v) MEPEG 2000, 250 mM potassium nitrate, 100 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid (MOPS)
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 5CHX Crystal Structure of amino acids 1590-1657 of MYH7 提交 2015-07-10 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–143（142 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
链 B
2–143（142 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；16% (w/v) MEPEG 2000, 250 mM potassium nitrate, 100 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid (MOPS)
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 5CJ0 Crystal Structure of Amino Acids 1631-1692 of MYH7 提交 2015-07-13 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–142（141 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-142, UNP P12883 residues 1631-1692
链 B
2–142（141 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-142, UNP P12883 residues 1631-1692
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；14% (w/v) MEPEG 5000, 200 mM glycine, 100 mM bistrispropane pH 7.0.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.238 |
| 5CJ4 Crystal Structure of Amino Acids 1562-1622 of MYH7 提交 2015-07-13 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–144（143 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
链 B
2–144（143 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；23% (w/v) PEG 4000, 500 mM NaCl, 100 mM triethanolamine pH 8.0.
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.280 |
| 5CJ4 Crystal Structure of Amino Acids 1562-1622 of MYH7 提交 2015-07-13 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–144（143 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
链 D
2–144（143 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；23% (w/v) PEG 4000, 500 mM NaCl, 100 mM triethanolamine pH 8.0.
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.280 |
| 5WJ7 Crystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Xrcc4 提交 2017-07-21 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1733-1797
链 B
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1733-1797
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；16% (w/v) Methyl-Ether PEG 5K, 300 mM glycine, 100 mM triethanolamine pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.249 |
| 5WLZ Crystal Structure of Amino Acids 1677-1758 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Xrcc4 提交 2017-07-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 B
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 C
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 D
2–132（131 aa）
片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
|
突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8-10% methyl-ether polyethylene glycol (MEPEG) 5K, 300 mM glycine, bis-tris propane pH 7.0, 1.5-3.0% (w/v) jeffamine M-600
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.249 |
| 6ABO human XRCC4 and IFFO1 complex 提交 2018-07-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–213（213 aa）
片段：UNP residues 1-213
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Sodium cacodylate pH6.0, 50mM Calcium acetate, 20-25% MPD, 1M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.273 |
| 7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–336（336 aa）
链 G
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.40 Å |
| 7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–336（336 aa）
链 G
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7M3P Xrcc4-Spc110p(164-207) fusion 提交 2021-03-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–132（131 aa）
链 B
2–132（131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；13% PEG3350 and 0.2 M magnesium formate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–336（336 aa）
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.14 Å |
| 7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–336（336 aa）
链 I
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.29 Å |
| 8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–336（336 aa）
链 H
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
链 Q
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–336（336 aa）
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.51 Å |
| 8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–336（336 aa）
链 H
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
链 Q
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.33 Å |
| 8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–336（336 aa）
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.76 Å |
| 8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–336（336 aa）
链 G
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.39 Å |
| 8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–336（336 aa）
链 G
1–336（336 aa）
链 O
1–336（336 aa）
链 P
1–336（336 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–336（336 aa）
链 Q
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–336（336 aa）
链 H
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–336（336 aa）
链 E
1–336（336 aa）
链 d
1–336（336 aa）
链 e
1–336（336 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |