当前蛋白身份：Q14181
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KEB NMR solution structure of the N-terminal domain of the DNA polymerase alpha p68 subunit 提交 2009-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–78（78 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
0.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 4E2I The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase 提交 2012-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 1
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 2
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 3
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 4
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 5
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 6
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.96 M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.314 |
| 4E2I The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase 提交 2012-03-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 7
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 8
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 9
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 U
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
链 W
1–78（78 aa）
片段：UNP residues 1-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.96 M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.314 |
| 4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
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分辨率 2.51 Å R-free 0.257 |
| 4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
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分辨率 2.51 Å R-free 0.257 |
| 4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
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分辨率 2.51 Å R-free 0.257 |
| 4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.257 |
| 5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
2–598（597 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA
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分辨率 3.60 Å R-free 0.326 |
| 5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
2–598（597 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.326 |
| 7OPL CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 提交 2021-06-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
149–598（450 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.12 Å |
| 7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.60 Å |
| 8B9D Human replisome bound by Pol Alpha 提交 2022-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–598（598 aa）
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未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å |
| 8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
143–598（456 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.43 Å |
| 8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–598（597 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.27 Å |
| 8D9D Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template 提交 2022-06-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 D
155–598（444 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.59 Å |
| 8QJ7 Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 提交 2023-09-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–598（598 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.07 Å |
| 8VY3 Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 提交 2024-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
155–598（444 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.98 Å |
| 9C8V Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM) 提交 2024-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
155–598（444 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |