当前蛋白身份：Q15661
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4A6L beta-tryptase inhibitor 提交 2011-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
未记录 | P43 1-{3-[1-({5-[(2-fluorophenyl)ethynyl]furan-2-yl}carbonyl)piperidin-4-yl]phenyl}methanamine × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；PEG 3000 10%, NAACETATE 100 MM PH 5, GLYCEROL 5%, NACL 1.7 M
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.211 |
| 4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.216 |
| 4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.216 |
| 4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | 2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.230 |
| 4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | 2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.230 |
| 4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 ACT ACETATE ION × 4 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.251 |
| 4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
链 B
31–275（245 aa）
片段：UNP residues 31-275
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.251 |
| 5WI6 Human beta-1 tryptase mutant Ile99Cys 提交 2017-07-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C | SO4 SULFATE ION × 7 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；ammonium sulfate, polyethylene glycol 1500
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.227 |
| 6O1F Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab 提交 2019-02-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；5% PEG 4000
0.1M lithium sulfate
0.1M Tris pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | Y35 (3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}[1,1'-biphenyl]-3-yl){4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}[3,4-di(hydroxy-kappaO)phenyl]methanonato(2-)hydroxyborate(1-) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.249 |
| 6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–275（275 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.249 |
| 6VVU Anti-Tryptase fab E104.v1 bound to tryptase 提交 2020-02-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
链 B
1–275（275 aa）
链 C
1–275（275 aa）
链 D
1–275（275 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 4000 and 4% pentaerythritol ethoxylate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.232 |
| 8VGH CryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-tryptase Fab E104.v1 提交 2023-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VGI CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.2DS 提交 2023-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VGJ CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.4DS 提交 2023-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8VGK CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.6DS 提交 2023-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
链 B
31–275（245 aa）
链 C
31–275（245 aa）
链 D
31–275（245 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9MNB Beta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2 提交 2024-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
31–275（245 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES, 100mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |