当前蛋白身份：Q16630
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3P5T CFIm25-CFIm68 complex 提交 2010-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 M
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；283 K；16% PEG 3350, 5% dioxane, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.265 |
| 3P5T CFIm25-CFIm68 complex 提交 2010-10-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 N
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 O
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；283 K；16% PEG 3350, 5% dioxane, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.265 |
| 3P5T CFIm25-CFIm68 complex 提交 2010-10-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 P
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 Q
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；283 K；16% PEG 3350, 5% dioxane, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.265 |
| 3P6Y CF Im25-CF Im68-UGUAA complex 提交 2010-10-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 D
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；283 K；15% PEG 3350, 9% dioxane and 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3P6Y CF Im25-CF Im68-UGUAA complex 提交 2010-10-11 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 G
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 H
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；283 K；15% PEG 3350, 9% dioxane and 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3P6Y CF Im25-CF Im68-UGUAA complex 提交 2010-10-11 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 K
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 L
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；283 K；15% PEG 3350, 9% dioxane and 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3P6Y CF Im25-CF Im68-UGUAA complex 提交 2010-10-11 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 O
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
链 P
80–161（82 aa）
片段：UNP residues 80-161
|
突变：C159S 突变：C159S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；283 K；15% PEG 3350, 9% dioxane and 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3Q2S Crystal Structure of CFIm68 RRM/CFIm25 complex 提交 2010-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
13–235（223 aa）
片段：RRM domain, residues 13-235
链 D
13–235（223 aa）
片段：RRM domain, residues 13-235
|
突变：C159V 突变：C159V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Formate, 0.05M HEPES pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.278 |
| 3Q2T Crystal Structure of CFIm68 RRM/CFIm25/RNA complex 提交 2010-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
13–235（223 aa）
片段：RRM domain, residues 13-235
链 D
13–235（223 aa）
片段：RRM domain, residues 13-235
|
突变：C159V 突变：C159V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Formate, 0.05M HEPES pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.286 |
| 4B4N CPSF6 defines a conserved capsid interface that modulates HIV-1 replication 提交 2012-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
313–327（15 aa）
片段：RESIDUES 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；17 DEGREES (SITTING DROPS).PROTEIN/ PEPTIDE SOLUTION (0.37 MM HIV-1 CAN AND 4 MM CPSF6313-327 IN 20 MM HEPES PH 7, 50 MM NACL, 1 MM DTT) WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM PHOSPHATE DIBASIC) IN A 1:1 MIX.
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.273 |
| 4U0A Hexameric HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.6M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1M TRIS
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.253 |
| 4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 M
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 N
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 O
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 P
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 Q
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 R
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 S
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 T
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 U
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 V
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 W
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
链 X
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 276-290
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 4WYM Structural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6 提交 2014-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 M
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 N
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 O
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 P
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 Q
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 R
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES, MOPS; 30% glycerol, PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 4WYM Structural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6 提交 2014-11-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 S
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 T
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 U
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 V
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
链 W
313–327（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES, MOPS; 30% glycerol, PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 6AY9 Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with CPSF6 peptide 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
276–287（12 aa）
片段：UNP residues 276-287
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.273 |
| 6GX9 Crystal structure of the TNPO3 - CPSF6 RSLD complex 提交 2018-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
408–477（70 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 BCN BICINE × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；12.8% PEG MME 500, 6.4% PEG 20,000, 4% 1,6-hexandiol, 1.5% benzamidine, 75 mM NaCl, 40 mM MgCl2, 6 mM DTT, 80 mM Tris-bicine, pH 8.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 6GX9 Crystal structure of the TNPO3 - CPSF6 RSLD complex 提交 2018-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
408–477（70 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 BCN BICINE × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；12.8% PEG MME 500, 6.4% PEG 20,000, 4% 1,6-hexandiol, 1.5% benzamidine, 75 mM NaCl, 40 mM MgCl2, 6 mM DTT, 80 mM Tris-bicine, pH 8.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 7ZUD Crystal structure of HIV-1 capsid IP6-CPSF6 complex 提交 2022-05-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 M
276–288（13 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3M Calcium chloride dihydrate, 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 0.1 M Bicine, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.336 |
| 8CL1 HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to CPSF6 peptide. 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
276–290（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 Y
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
链 Z
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 Y
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
链 Z
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 Y
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
链 Z
313–327（15 aa）
片段：UNP residues 313-327
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 9CNV HIV-2 CA hexamer bound with CPSF6 peptide; assembled via liposome templating 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
313–327（15 aa）
|
突变：Delta(1-312) and Delta(328-358) | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；The mixed buffer of storage buffer for the protein and lipid components with IP6 supplemented.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were dual-side blotted with blot force 0 for 5.5 sec before plunge freezing in liquid ethane.
|
分辨率 3.16 Å |
| 9CNV HIV-2 CA hexamer bound with CPSF6 peptide; assembled via liposome templating 提交 2024-07-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
313–327（15 aa）
|
突变：Delta(1-312) and Delta(328-358) | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；The mixed buffer of storage buffer for the protein and lipid components with IP6 supplemented.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were dual-side blotted with blot force 0 for 5.5 sec before plunge freezing in liquid ethane.
|
分辨率 3.16 Å |