当前蛋白身份：Q16665
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1H2K Factor Inhibiting HIF-1 alpha in complex with HIF-1 alpha fragment peptide 提交 2002-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 S
786–826（41 aa）
片段：C-TERMINAL TRANSACTIVATION DOMAIN FRAGMENT, RESIDUES 786-826
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, ARGON ATMOSPHERE, 11MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II), 2.5MM NOG AND 2.5MM PEPTIDE, pH 7.50
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.213 |
| 1H2L Factor Inhibiting HIF-1 alpha in complex with HIF-1 alpha fragment peptide 提交 2002-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 S
786–826（41 aa）
片段：C-TERMINAL TRANSACTIVATION DOMAIN FRAGMENT, RESIDUES 786-826
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, ARGON ATMOSPHERE, 11MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II), 2.5MM AKG AND 2.5MM PEPTIDE, pH 7.50
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.217 |
| 1H2M Factor Inhibiting HIF-1 alpha in complex with HIF-1 alpha fragment peptide 提交 2002-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 S
775–826（52 aa）
片段：C-TERMINAL TRANSACTIVATION DOMAIN FRAGMENT, RESIDUES 775-826
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, 11MG/ML PROTEIN WITH 1MM ZN(II), 2.5MM NOG AND 2.5MM PEPTIDE, pH 7.50
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.225 |
| 1L3E NMR Structures of the HIF-1alpha CTAD/p300 CH1 Complex 提交 2002-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
785–826（42 aa）
片段：C-terminal transactivation domain (CTAD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1mM CTAD/CH1 complex U-15N,13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT | 90% D2O, 10% H2O
NMR样品组成
1mM CTAD/CH1 complex U-15N,13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT | 99.9% D2O
NMR样品组成
1mM CTAD/CH1 complex U-15N; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT | 90% D2O, 10% H2O
NMR样品组成
1mM CTAD/CH1 complex; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT | 99.9% D2O
NMR样品组成
1mM CTAD/CH1 complex 10% U-13C; 0.1mM ZnSO4; 1mM DTT | 99.9% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1L8C STRUCTURAL BASIS FOR HIF-1ALPHA/CBP RECOGNITION IN THE CELLULAR HYPOXIC RESPONSE 提交 2002-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
776–826（51 aa）
片段：CTAD (C-Terminal activation) domain, Residues 776-826
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）2.0 Millimolar；压力 Ambient
NMR样品组成
1MM 13C, 15N-TAZ1, 2MM HIF-1a
NMR样品组成
1MM 13C, 15N-HIF-1a, 2MM TAZ1
NMR样品组成
10MM D-TRIS, 10MM D-DTT, 0.02% NAN3, 0.5MM ZnSO4
|
分辨率未提供 |
| 1LM8 Structure of a HIF-1a-pVHL-ElonginB-ElonginC Complex 提交 2002-04-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
556–575（20 aa）
片段：Residues 556-575
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.236 |
| 1LQB Crystal structure of a hydroxylated HIF-1 alpha peptide bound to the pVHL/elongin-C/elongin-B complex 提交 2002-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
549–582（34 aa）
片段：residues 549-582
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；HEPES, PEG2000 monomethylester, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.277 |
| 1LQB Crystal structure of a hydroxylated HIF-1 alpha peptide bound to the pVHL/elongin-C/elongin-B complex 提交 2002-05-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
549–582（34 aa）
片段：residues 549-582
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；HEPES, PEG2000 monomethylester, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.277 |
| 2ILM Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer 提交 2006-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 S
786–826（41 aa）
片段：CTAD
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 BCT BICARBONATE ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5 ARGON ATMOSPHERE, 14MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II)SO4, 1MM ALPHA-KETOGLUTARATE, 1MM HIF-1ALPHA PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K, pH 7.50
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 3HQR PHD2:Mn:NOG:HIF1-alpha substrate complex 提交 2009-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 S
558–574（17 aa）
片段：C-terminal degradation domain, residues 558-574
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 200mM MgCl2, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 3HQU PHD2:Fe:UN9:partial HIF1-alpha substrate complex 提交 2009-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 S
558–574（17 aa）
片段：C-terminal degradation domain, residues 558-574
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 1 UN9 N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.5；298 K；1.6M AMMONIUM SULFATE, 4% DIOXANE, 0.1M MES PH6.5, ARGON ATMOSPHERE, 20MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II)SO4, 10MM HIF1A-CODD-OH PEPTIDE, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 4AJY von Hippel-Lindau protein-ElonginB-ElonginC complex, bound to Hif1- alpha peptide 提交 2012-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
559–577（19 aa）
片段：RESIDUES 559-577
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M K PHOSPHATE PH 6.6 0.2 M (NH4)2SO4 20% PEG MME 5000 5 MM DTT
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.232 |
| 4H6J Identification of Cys 255 in HIF-1 as a novel site for development of covalent inhibitors of HIF-1 /ARNT PasB domain protein-protein interaction. 提交 2012-09-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
238–348（111 aa）
片段：PAS-B DOMAIN, UNP residues 238-348
|
突变：R245E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.248 |
| 5JWP Crystal structure of human FIH D201E variant in complex with Zn, alpha-ketoglutarate, and HIF1 alpha peptide. 提交 2016-05-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
788–806（19 aa）
片段：UNP residues 11-29
|
未记录 | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes, 1.6mM ammonium sulfate, 3% PEG 400
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.209 |
| 5L9B HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/ EGLN1) IN COMPLEX WITH 2-OXOGLUTARATE (2OG) AND HIF-1ALPHA CODD (556-574) 提交 2016-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
556–574（19 aa）
片段：UNP residues 556-574
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.186 |
| 5L9B HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/ EGLN1) IN COMPLEX WITH 2-OXOGLUTARATE (2OG) AND HIF-1ALPHA CODD (556-574) 提交 2016-06-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
556–574（19 aa）
片段：UNP residues 556-574
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.186 |
| 5L9V HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-1) 提交 2016-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413
|
突变：L397C, D412C | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium chloride, 20 % w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.190 |
| 5L9V HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-1) 提交 2016-06-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413
|
突变：L397C, D412C | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium chloride, 20 % w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.190 |
| 5LA9 HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/V314C) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-2) 提交 2016-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP residues 395-413
|
突变：L397C, D412C | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 2.0 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.279 |
| 5LA9 HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/V314C) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-2) 提交 2016-06-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP residues 395-413
|
突变：L397C, D412C | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 2.0 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.279 |
| 5LAS HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C/R396T) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-3) 提交 2016-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413;
链 D
395–413（19 aa）
片段：N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413;
|
突变：L397C, D412C 突变：L397C, D412C | MN MANGANESE (II) ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M citrate pH 5.0, 20 % w/v polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 6YW3 HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with N-Oxalyl Glycine (NOG), HIF-1ALPHA CODD (556-574) and a RaPID-derived cyclic peptide 3C (14-mer) 提交 2020-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
556–574（19 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Sample: 1.0 mM cPHD2, 1.5 mM MnCl2, 2.0 mM compound, 1.0 mM 3C, 2.0 mM CODD; Reservoir: 19-23% w/v polyethylene glycol 3350, 0.25 M lithium sulfate, 2 mM MnCl2; Sitting drop (2 ul), protein-to-well ratio, 1:1
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.208 |
| 7LVS The CBP TAZ1 Domain in Complex with a CITED2-HIF-1-Alpha Fusion Peptide 提交 2021-02-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
796–826（31 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 6.87, 28% PEG 4000
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.241 |
| 7QGS Crystal structure of p300 CH1 domain in complex with CITIF (a CITED2-HIF-1alpha hybrid) 提交 2021-12-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
792–826（35 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M HEPES pH 6.5, PEG 6K 35%
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 8HE0 Crystal structure of importin-alpha1 bound to the HIF-1alpha nuclear localization signal (wild-type) 提交 2022-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
717–757（41 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；tri-sodium citrate, HEPES, DTT
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.198 |
| 9OFU Dimer of HIF-1a-ARNT Heterodimers Complexed on 52-bp HRE/HAS 提交 2025-04-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
3–361（359 aa）
链 C
3–361（359 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |