当前蛋白身份：Q5CR64
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9O9R Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum 提交 2025-04-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index HT C6: 1.5M ammonium sufate, 0.1M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. plate 19658 C6 drop 1, Puck: PSL-0601, Cryo: Paratone-N and parafin oil (1:1)
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.187 |
| 9OAI Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with thymidine-5'-phosphate 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
|
未记录 | TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0505, Cryo: direct from soaking solution
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.163 |
| 9OAK Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with cytidine-5'-diphosphate and cytidine-5'-triphosphate 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CDP CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Subunit A contains partially occupied CTP and HIP from reaction. Subunit C contains partially occupied CDP and HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0503, Cryo: direct from soaking solution
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.172 |
| 9OAN Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with guanosine-5'-diphosphate and AMP-PNP 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ANP and GDP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Ligands only bound if ANP is present. GDP only soaks did not produce binding. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0509, Cryo: direct from soaking solution
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.171 |
| 9OB9 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with ADP and CTP 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
|
未记录 | CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP and CTP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Partial ADP and CTP occupancy at same sites. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0514, Cryo: direct from soaking solution
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.178 |
| 9OBA Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum containing phosphorylated active site histidine 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP and CTP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Crystals were soaked with 10mM ATP for 4 hours which phosphorylated His139. No ADP bound after phosphorylation. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0411, Cryo: direct
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分辨率 1.58 Å R-free 0.168 |
| 9OBC Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with ADP 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0511, Cryo: direct from soaking solution
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.180 |
| 9OD6 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with citrate 提交 2025-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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未记录 | CIT CITRIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Citrate acquired from the crystallant. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0604, Cryo: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5
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分辨率 1.45 Å R-free 0.168 |
| 9PFY Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with ATP 提交 2025-07-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal was transferred to 35% MPD, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, 100mM sodium formate two times and then soaked with in the same solution containing 10mM ATP for 3 hours. Subunits A and C have partial occupancy of ATP and HIP in the active site. Subunit B had 100% conversion to HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0105, Cryo: direct from soaking solution
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分辨率 1.42 Å R-free 0.156 |
| 9PG0 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with AMP 提交 2025-07-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal soaked overnight in 10mM AMP in crystallant. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0201, Cryo: direct from soaking solution
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分辨率 1.45 Å R-free 0.155 |
| 9YN9 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum (GMP complex) 提交 2025-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
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未记录 | 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index C6: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 100mM NaCl, CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 9.2 mg/mL. overnight soak in 2mM GMP in crystallant, Liu-S-177 H4 , Puck: PSL-0103, Cryo: 2.5M ammonium sulfate.
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分辨率 1.64 Å R-free 0.176 |
| 9ZOG Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum (Apo, hexamer) 提交 2025-12-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
26–173（148 aa）
链 B
26–173（148 aa）
链 C
26–173（148 aa）
链 D
26–173（148 aa）
链 E
26–173（148 aa）
链 F
26–173（148 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Berkeley H10: 100 mM Bis-Tris pH 6.5; 200 mM Sodium acetate, 25% PEG 4000. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 18.8 mg/mL. Screened as ButhA.01370.b.B2 but contaminating CrpaA.01302.a.B2 on the column from a preceding purification is what crystallized. plate 20365 H10 drop 2, Puck: PSL-1602, Cryo: 20% ethylene + 80% crystallant
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分辨率 1.48 Å R-free 0.161 |