当前蛋白身份：Q62768
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1Y8F Solution structure of the munc13-1 C1-domain 提交 2004-12-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
567–616（50 aa）
片段：C1-domain (residues 567-616)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1.5mM munc13-1 C1-domain U-15N, 40mM HEPES (pH 7.0), 150mM NaCl, 50uM ZnCl2 | 40mM HEPES (pH 7.0), 150mM NaCl, 50uM ZnCl2
NMR样品组成
1.5mM munc13-1 C1-domain U-15N,13C, 40mM HEPES (pH 7.0), 150mM NaCl, 50uM ZnCl2 | 40 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 50 uM ZnCl2
|
分辨率未提供 |
| 2CJS Structural Basis for a Munc13-1 Homodimer - Munc13-1 - RIM Heterodimer Switch: C2-domains as Versatile Protein-Protein Interaction Modules 提交 2006-04-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 2-150
链 B
2–150（149 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 2-150
|
突变：YES 突变：YES | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 6 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；VAPOR DIFFUSION; HANGING DROP; PROTEIN: 10 MG/ML MUNC13-1/RIM2ALPHA IN 30 MM TRIS, 150 MM NACL AND 1 MM TCEP, PH 7.4); RESERVOIR: 0.3 M AMMONIUM TARTRATE (PH 7.0); DROP: 1 MICROLITER PROTEIN PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR; TEMPERATURE: 20 DEGREES CELSIUS; CRYSTALS APPEARED OVERNIGHT AND GREW TO A FINAL SIZE OF ABOUT 0.06 MM X 0.06 MM X 0.25 MM WITHIN 4 DAYS.
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.219 |
| 2CJT Structural Basis for a Munc13-1 Homodimer - Munc13-1 - RIM Heterodimer Switch: C2-domains as Versatile Protein-Protein Interaction Modules 提交 2006-04-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–128（128 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 1-128
链 C
1–128（128 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 1-128
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 FMT FORMIC ACID × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；VAPOR DIFFUSION; HANGING DROP; PROTEIN: 12 MG/ML MUNC13-1 IN 30 MM TRIS, 150 MM NACL AND 1 MM TCEP, PH 7.4; RESERVOIR: 0.4 M MAGNESIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.5); DROP: 1 MICROLITER PROTEIN PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR; TEMPERATURE: 20 DEGREES CELSIUS; CRYSTALS APPEARED OVERNIGHT AND GREW TO A FINAL SIZE OF ABOUT 0.05 MM X 0.05 MM X 0.35 MM WITHIN 3 DAYS.
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.188 |
| 2CJT Structural Basis for a Munc13-1 Homodimer - Munc13-1 - RIM Heterodimer Switch: C2-domains as Versatile Protein-Protein Interaction Modules 提交 2006-04-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–128（128 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 1-128
链 D
1–128（128 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 1-128
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 FMT FORMIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；VAPOR DIFFUSION; HANGING DROP; PROTEIN: 12 MG/ML MUNC13-1 IN 30 MM TRIS, 150 MM NACL AND 1 MM TCEP, PH 7.4; RESERVOIR: 0.4 M MAGNESIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.5); DROP: 1 MICROLITER PROTEIN PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR; TEMPERATURE: 20 DEGREES CELSIUS; CRYSTALS APPEARED OVERNIGHT AND GREW TO A FINAL SIZE OF ABOUT 0.05 MM X 0.05 MM X 0.35 MM WITHIN 3 DAYS.
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.188 |
| 2KDU Structural basis of the Munc13-1/Ca2+-Calmodulin interaction: A novel 1-26 calmodulin binding motif with a bipartite binding mode 提交 2009-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
458–492（35 aa）
片段：UNP residues 458-492, Calmodulin binding domain
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308 K
NMR样品组成
10 mM calcium, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] calmodulin, 1.8 mM Munc13-1, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM calcium, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Munc13-1, 0.6 mM calmodulin, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM calcium, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] calmodulin, 1.8 mM Munc13, 150 mM potassium chloride, 20 mM BIS-TRIS, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3SWH Munc13-1, MUN domain, C-terminal module 提交 2011-07-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1148–1407（260 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 A
1453–1531（79 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.15 M sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.302 |
| 3SWH Munc13-1, MUN domain, C-terminal module 提交 2011-07-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1148–1407（260 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 B
1453–1531（79 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.15 M sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.302 |
| 4Y21 Crystal Structure of Munc13-1 MUN domain 提交 2015-02-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
942–1407（466 aa）
片段：MUN domain
链 A
1453–1523（71 aa）
片段：MUN domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；PEG 3350, Mg(NO3)2, MES
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.252 |
| 5UE8 The crystal structure of Munc13-1 C1C2BMUN domain 提交 2016-12-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
529–1407（879 aa）
片段：C1C2BMUN domain (UNP residues 529-1407 and 1452-1531)
链 A
1452–1531（80 aa）
片段：C1C2BMUN domain (UNP residues 529-1407 and 1452-1531)
|
突变：;L756W mutation. Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. ; 突变：;L756W mutation. Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. ; | ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 0.15 M NaCl, 12% PEG 10,000, 10% glycerol, 5 mM TCEP, 25% ethylene glycol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.290 |
| 5UE8 The crystal structure of Munc13-1 C1C2BMUN domain 提交 2016-12-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
529–1407（879 aa）
片段：C1C2BMUN domain (UNP residues 529-1407 and 1452-1531)
链 B
1452–1531（80 aa）
片段：C1C2BMUN domain (UNP residues 529-1407 and 1452-1531)
|
突变：;L756W mutation. Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. ; 突变：;L756W mutation. Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. ; | ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 0.15 M NaCl, 12% PEG 10,000, 10% glycerol, 5 mM TCEP, 25% ethylene glycol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.290 |
| 5UF7 CRYSTAL STRUCTURE OF MUNC13-1 MUN DOMAIN 提交 2017-01-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
942–1407（466 aa）
片段：MUN DOMAIN (UNP residues 942-1407 and 1453-1531)
链 A
1453–1531（79 aa）
片段：MUN DOMAIN (UNP residues 942-1407 and 1453-1531)
|
突变：Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. 突变：Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M Mg(NO3)2, 0.1 M MES pH 5.8 - 6.3, 0.15 M NaCl, 18-25% PEG 3350, 10% glycerol, 5 mM DTT, 30% ethylene glycol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.253 |
| 6A30 Crystal Structure of Munc13-1 MUN Domain and Synaptobrevin-2 Juxtamembrane Linker Region 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
944–1407（464 aa）
片段：MUN domain
链 A
1453–1523（71 aa）
片段：MUN domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；PEG 3350, magnesium nitrate, 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES)
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.239 |
| 6NYC Munc13-1 C2B-domain, calcium free 提交 2019-02-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
675–820（146 aa）
片段：C2B domain, residues 675-820
|
突变：L756W | CL CHLORIDE ION × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；30% PEG-MME 2000, 0.1 M bis-tris propane pH 6.8, 0.1 M NaCl, 0.5 mM TCEP
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.248 |
| 6NYT Munc13-1 C2B-domain, calcium bound 提交 2019-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
675–820（146 aa）
片段：C2B
|
突变：L756W | CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；30% PEG-MME 2000, 0.1 M bis-tris propane pH 6.8, 0.1 M NaCl, 0.1 MM CaCl2, 0.5 mM TCEP
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.169 |
| 7T7X Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C Upright conformation spanning two lipid bilayers 提交 2021-12-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
529–1407（879 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 sec before plunging, blot force -1
|
分辨率 10.00 Å |
| 7T81 Model of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C 2D crystal between lipid bilayers. 提交 2021-12-15 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
529–1407（879 aa）
链 C
529–1407（879 aa）
链 D
529–1407（879 aa）
链 E
529–1407（879 aa）
链 F
529–1407（879 aa）
链 G
529–1407（879 aa）
链 H
529–1407（879 aa）
链 I
529–1407（879 aa）
链 J
529–1407（879 aa）
链 K
529–1407（879 aa）
链 L
529–1407（879 aa）
链 M
529–1407（879 aa）
链 N
529–1407（879 aa）
链 O
529–1407（879 aa）
链 P
529–1407（879 aa）
链 Q
529–1407（879 aa）
链 R
529–1407（879 aa）
链 S
529–1407（879 aa）
链 T
529–1407（879 aa）
链 U
529–1407（879 aa）
链 V
529–1407（879 aa）
链 W
529–1407（879 aa）
链 X
529–1407（879 aa）
链 Y
529–1407（879 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 sec before plunging, blot force -1
|
分辨率 10.00 Å |