当前蛋白身份：Q6N089
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1U6A Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105 提交 2004-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
21–243（223 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, NACL, NA-CITRATE, PEPTIDE 44 (RLTPEPDD-NH2), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.251 |
| 2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
20–243（224 aa）
链 E
20–243（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.275 |
| 2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 H
20–243（224 aa）
链 K
20–243（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.275 |
| 2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
20–243（224 aa）
链 E
20–243（224 aa）
链 H
20–243（224 aa）
链 K
20–243（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.275 |
| 3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
143–243（101 aa）
片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
143–243（101 aa）
片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
139–243（105 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.287 |
| 3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
139–243（105 aa）
|
未记录 | NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.252 |
| 3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
139–243（105 aa）
|
未记录 | NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.252 |
| 3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
139–243（105 aa）
|
未记录 | 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
139–243（105 aa）
|
未记录 | 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
151–245（95 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.232 |
| 4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
151–245（95 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.232 |
| 4NM8 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin 提交 2013-11-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
151–245（95 aa）
链 I
151–245（95 aa）
链 J
151–245（95 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.292 |
| 4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
128–247（120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.210 |
| 5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
135–247（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.202 |
| 5UG0 Human antibody H2897 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 提交 2017-01-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10% w/v PEG8000, 100 mM HEPES
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.278 |
| 5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
132–245（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5%
PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
132–245（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5%
PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
143–245（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.264 |
| 5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
143–245（103 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.264 |
| 5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
143–245（103 aa）
|
未记录 | BMA beta-D-mannopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.264 |
| 5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
143–245（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.
|
分辨率 3.91 Å R-free 0.264 |
| 5W42 Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2) 提交 2017-06-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
138–245（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)
|
分辨率 3.57 Å R-free 0.228 |
| 5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
135–244（110 aa）
链 E
135–244（110 aa）
链 I
135–244（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate,
0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.268 |
| 5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 C
135–244（110 aa）
链 G
135–244（110 aa）
链 K
135–244（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate,
0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.268 |
| 5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
138–245（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
138–245（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
132–245（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.205 |
| 6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 D
138–245（108 aa）
链 J
138–245（108 aa）
链 P
138–245（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |