当前蛋白身份：Q6ZN18
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
191–287（97 aa）
片段：UNP residues 191-287
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.216 |
| 5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
191–287（97 aa）
片段：UNP residues 191-287
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.216 |
| 5Y0U The solution structure of AEBP2 C2H2 zinc fingers 提交 2017-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
258–357（100 aa）
片段：UNP RESIDUES 258-357
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 101325
NMR样品组成
0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Zinc finger protein AEBP2, 5 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] DTT, 0.025 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] TRIS, 0.1 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] Zinc finger protein AEBP2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 5Y1U Crystal structure of RBBP4 bound to AEBP2 RRK motif 提交 2017-07-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
379–390（12 aa）
片段：UNP residues 379-390
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 5Y1U Crystal structure of RBBP4 bound to AEBP2 RRK motif 提交 2017-07-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
379–390（12 aa）
片段：UNP residues 379-390
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 6C23 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Compact Active State 提交 2018-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 P
209–503（295 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6C24 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Extended Active State 提交 2018-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 P
209–503（295 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 P
209–503（295 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7KSO Cryo-EM structure of PRC2:EZH1-AEBP2-JARID2 提交 2020-11-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 E
209–503（295 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EQV Cryo-EM structure of PRC2 in complex with the long isoform of AEBP2 提交 2022-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–517（517 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；200 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 1 mM TCEP, 0.01% NP-40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting 3 seconds
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分辨率 3.64 Å |
| 8FYH G4 RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2023-01-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–517（517 aa）
链 L
1–517（517 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP)
EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP)
EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s of single side blotting
|
分辨率 3.40 Å |
| 8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–301（301 aa）
链 Y
1–301（301 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 Y
224–517（294 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 Y
2–301（300 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8VMI PRC2_AJ119-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 P
1–301（301 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VML PRC2_AJ1-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 P
1–301（301 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VNV PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3 with histone H3 tail engaged 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
225–503（279 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VNZ PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3-modified nucleosome with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 P
1–301（301 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9C8U Human PRC2 - RvLEAM (short) (1:6 molar ratio), cross-linked 10 min 提交 2024-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
210–503（294 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9DCH Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2024-08-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 F
210–503（294 aa）
链 M
210–503（294 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1 mM TCEP)
EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1 mM TCEP)
EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1 mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2-3s of single side blotting
|
分辨率 3.40 Å |