当前蛋白身份：Q71SY5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KY6 Structure of ARC92VBD/MED25ACID 提交 2010-05-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
391–553（163 aa）
片段：VP16-binding-domain (VBD) Activator-interacting domain (ACID) (UNP Residues 391-553)
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
50-1000 uM [U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM ARC92VBD, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
200-1000 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
700 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
700 uM [ILV-100% 13C1H; U-100% 15N; U-100% 2H] ARC92VBD, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 2L23 NMR structure of the ACID (ACtivator Interacting Domain) of the human mediator Med25 protein 提交 2010-08-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
126–283（158 aa）
片段：ACID domain, UNP residues 391-548
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.75；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.3-0.5 MM [U-98% 13C U-98% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/ 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.5 MM [U-95% 13C] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.2 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 2L6U Solution NMR Structure of Med25(391-543) Comprising the Activator-Interacting Domain (ACID) of Human Mediator Subuniti 25. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6188A 提交 2010-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
391–543（153 aa）
片段：ACID domain residues 391-543
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.7 MM [U-100% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.4 MM [U-5% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2XNF The Mediator Med25 activator interaction domain: Structure and cooperative binding of VP16 subdomains 提交 2010-08-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
394–543（150 aa）
片段：MED25 ACID DOMAIN, RESIDUES 394-543
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0
NMR测量条件
pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0
NMR样品组成
90%WATER/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 7EMF Human Mediator (deletion of MED1-IDR) in a Tail-extended conformation 提交 2021-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric（27） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–747（747 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 3
1–747（747 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–747（747 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–747（747 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.16 Å |
| 8T9D CryoEM structure of TR-TRAP 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric（26） 与蛋白数一致 |
链 T
1–747（747 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.66 Å |
| 9CCV Crystal structure of human respiratory syncytial virus NS1 bound to human MED25 ACID 提交 2024-06-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
389–543（155 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.15 M ammonium tartrate, 0.1 M MES pH 5.6, 12% PEG 3350
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分辨率 2.53 Å R-free 0.262 |