当前蛋白身份：Q7TS98
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
链 L
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
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未记录 | CD CADMIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.263 |
| 1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
23–129（107 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
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未记录 | CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.264 |
| 3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric（720） 与蛋白数一致 |
链 H
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 J
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 L
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件
100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 21.00 Å |
| 3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 J
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 L
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件
100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 21.00 Å |
| 3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 H
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 J
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 L
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件
100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 21.00 Å |
| 3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric（72） 与蛋白数一致 |
链 H
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 J
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 L
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件
100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 21.00 Å |
| 3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 | Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 J
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
链 L
130–234（105 aa）
片段：SEE REMARK 999
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件
100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 21.00 Å |
| 4KVC 2H2 Fab fragment of immature Dengue virus 提交 2013-05-22 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
130–234（105 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 6000
0.1 M MES
0.2M NH4Cl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.31 Å R-free 0.234 |
| 5TR8 Crystal structure of vaccine-elicited pan- influenza H1N1 neutralizing murine antibody 441D6. 提交 2016-10-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
132–234（103 aa）
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未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；12% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 5mM NiCl2
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.198 |
| 5VPL CRYSTAL STRUCTURE OF DER F 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1 提交 2017-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
24–235（212 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 18% W/V PEG12K, PH 7.0,
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.194 |