当前蛋白身份：Q83LX4
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Q35 Structure of a membrane protein 提交 2014-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 SO4 SULFATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；10 mM sodium citrate (pH 5.6), 300mM lithium sulfate, 8% PEG 400, 100mM glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
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分辨率 2.39 Å R-free 0.231 |
| 9I92 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 1) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 A1I1D 1-[4,7-bis(2-chloranylethanoyl)-1,4,7-triazonan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.41 Å |
| 9I93 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 2) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.86 Å |
| 9I94 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 3) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.84 Å |
| 9I95 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 4) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 A1I1E 1-[7,10-bis(2-chloranylethanoyl)-3,7,10-triazatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecan-3-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.35 Å |
| 9I96 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 5) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 R06 1-[3,5-bis(2-chloranylethanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.67 Å |
| 9I97 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with a Bicyclic Peptide binder (Compound 12) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 A1I1D 1-[4,7-bis(2-chloranylethanoyl)-1,4,7-triazonan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.48 Å |
| 9I98 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 13) 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–193（175 aa）
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未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 R06 1-[3,5-bis(2-chloranylethanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9Q8N Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16) 提交 2025-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
19–169（151 aa）
|
未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 A1I4O 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9RPR Cryo-EM structure of LptDEM complex containing Shigella flexneri LptE and endogenous E. coli LptD and LptM 提交 2025-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–193（193 aa）
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未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9RPS Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with RTP45 superinfection exclusion protein from RTP bacteriophage and endogenous LptM 提交 2025-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–193（193 aa）
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未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9RPT Cryo-EM structure of the open state of Shigella flexneri LptDE bound by the RBP of Oekolampad phage 提交 2025-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–193（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 9RPW Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE dimer: closed-state unbound and open-state bound by Oekolampad phage RBP 提交 2025-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–193（193 aa）
链 E
1–193（193 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å |
| 9RQI Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by phage RBP reveals N-terminal strand insertion into lateral gate 提交 2025-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–193（193 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |