当前蛋白身份：Q8TCD0
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1HZH CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTACT HUMAN IGG B12 WITH BROAD AND POTENT ACTIVITY AGAINST PRIMARY HIV-1 ISOLATES: A TEMPLATE FOR HIV VACCINE DESIGN 提交 2001-01-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
链 M
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；NH4SO4, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.273 |
| 1N0X Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope 提交 2002-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
片段：UNP residues 132-239
链 M
132–239（108 aa）
片段：UNP residues 132-239
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295.5 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS buffer, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.252 |
| 3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
131–239（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
131–239（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 O
131–239（109 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.244 |
| 3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
133–239（107 aa）
片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
133–239（107 aa）
片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
126–239（114 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
126–239（114 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 3MNZ Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
126–239（114 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 3PGF Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally specific synthetic antigen binder (sAB) 提交 2010-11-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
|
未记录 | IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；19% PEG 3400, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
130–238（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.230 |
| 4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
130–238（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.230 |
| 4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
130–238（109 aa）
链 L
130–238（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 10 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.230 |
| 4NUG Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT151 提交 2013-12-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 3350, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.207 |
| 4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
132–239（108 aa）
|
突变：N107K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.210 |
| 4NWT Crystal structure of the anti-human NGF Fab APE1531 提交 2013-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ACT ACETATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12% PEG 20000, 0.1M NaCl, 0.1M MES pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.181 |
| 4NWU Crystal structure of APE1551, an anti-human NGF Fab with a nine amino acid insertion in CDR H1 提交 2013-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；16% PEG 6000, 0.1 M Citric acid pH6.0-7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.198 |
| 5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
链 N
132–239（108 aa）
链 P
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 N
132–239（108 aa）
链 P
132–239（108 aa）
链 R
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 11.50 Å |
| 5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5%
PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5%
PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
126–239（114 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 L
123–239（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500
0.1 M MES pH 6.2
0.00001 M phenol
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.299 |
| 5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 L
123–239（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500
0.1 M MES pH 6.2
0.00001 M phenol
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.299 |
| 5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5
1 M NaCl
11% PEG3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.292 |
| 5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5
1 M NaCl
11% PEG3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.292 |
| 5W42 Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2) 提交 2017-06-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)
|
分辨率 3.57 Å R-free 0.228 |
| 5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 E
132–239（108 aa）
链 G
132–239（108 aa）
链 I
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000
10% 2-propanol
0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.256 |
| 6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
132–239（108 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
132–239（108 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 6ARU Structure of Cetuximab Fab mutant in complex with EGFR extracellular domain 提交 2017-08-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；150 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG3350, 10 mM cadmium chloride, 100 mM imidazole, 5% glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.267 |
| 6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
130–239（110 aa）
链 L
130–239（110 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.220 |
| 6BKC Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody AR3B 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
131–239（109 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；20% (w/v) PEG 3500, 0.2M Li-chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.276 |
| 6DC4 RSV-neutralizing human antibody AM22 提交 2018-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.205 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
| 6DCQ Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab 提交 2018-05-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 L
132–239（108 aa）
链 N
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force 0
Blot time 5 sec
|
分辨率 3.10 Å |
| 6E4X Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/Texas/50/2012 (H3N2) 提交 2018-07-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
122–239（118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；100 mM magnesium sulfate, 100 mM PIPES, pH 6.0, 30% PEG400
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.225 |
| 6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.267 |
| 6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.267 |
| 6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.299 |
| 6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.299 |
| 6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
131–239（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.299 |
| 6UC5 Fab397 in complex with NPNA peptide 提交 2019-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
122–238（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.62, 22% w/v PEG4000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.225 |
| 7CZQ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A10 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 K
122–239（118 aa）
链 N
122–239（118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 K
130–239（110 aa）
链 N
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 K
130–239（110 aa）
链 M
130–239（110 aa）
链 N
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7CZU S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_2B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 K
122–239（118 aa）
链 N
122–239（118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7CZV S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_3B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 K
122–239（118 aa）
链 M
122–239（118 aa）
链 N
122–239（118 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 K
130–239（110 aa）
链 M
130–239（110 aa）
链 N
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 K
130–239（110 aa）
链 N
130–239（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |