当前蛋白身份：Q96CB9
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4FP9 Human MTERF4-NSUN4 protein complex 提交 2012-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
26–384（359 aa）
链 C
26–384（359 aa）
链 D
26–384（359 aa）
链 F
26–384（359 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；294 K；100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.246 |
| 4FP9 Human MTERF4-NSUN4 protein complex 提交 2012-06-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–384（359 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；294 K；100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.246 |
| 4FP9 Human MTERF4-NSUN4 protein complex 提交 2012-06-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
26–384（359 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；294 K；100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.246 |
| 4FP9 Human MTERF4-NSUN4 protein complex 提交 2012-06-21 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
26–384（359 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；294 K；100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.246 |
| 4FP9 Human MTERF4-NSUN4 protein complex 提交 2012-06-21 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
26–384（359 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；294 K；100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.246 |
| 4FZV Crystal structure of the human MTERF4:NSUN4:SAM ternary complex 提交 2012-07-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–384（359 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.15 M magnesium formate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.190 |
| 7O9K Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：69-meric（69） 与全部聚合物一致 |
链 A1
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 93 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7O9M Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 A1
1–384（384 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 104 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7ODR State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 97 K POTASSIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 2.90 Å |
| 7ODS State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 88 K POTASSIUM ION × 8 N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ODT State C of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 95 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å |
| 7OF0 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 61 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 7OF3 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 58 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7OF5 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 70 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OF7 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 74 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7OIC Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 76 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PD3 Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP 提交 2021-08-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 91 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8PK0 human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 96 K POTASSIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8QSJ Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7 提交 2023-10-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–384（384 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 38 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |