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2CQM
Solution structure of the mitochondrial ribosomal protein L17 isolog
提交 2005-05-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
28–136(109 aa)
片段:Mitochondrial ribosomal protein L17
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
1.1mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl; 200mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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3IY9
Leishmania Tarentolae Mitochondrial Large Ribosomal Subunit Model
提交 2009-04-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:eicosameric
|
链 S
11–126(116 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris HCL, pH 7.5, 100mM KCL, 10mM MgCl2, 3mM DTT, 0.1mM EDTA, 0.05% dodecyl maltoside;pH 7.5;50 mM Tris HCL, pH 7.5, 100mM KCL, 10mM MgCl2, 3mM DTT, 0.1mM EDTA, 0.05% dodecyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 14.10 Å
|
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3J7Y
Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria
提交 2014-08-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:51-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
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AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 66
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT;pH 7.45;20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
90 K;冷冻剂 ETHANE;Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 3.40 Å
|
|
3J9M
Structure of the human mitochondrial ribosome (class 1)
提交 2015-02-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 81
PDB 声明:85-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT;pH 7.45;20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot 2.5 seconds before plunging;90 K;冷冻剂 ETHANE;Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 3.50 Å
|
|
5OOL
Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA
提交 2017-08-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.45;2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.06 Å
|
|
5OOM
Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA
提交 2017-08-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.45;2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.03 Å
|
|
6I9R
Large subunit of the human mitochondrial ribosome in complex with Virginiamycin M and Quinupristin
提交 2018-11-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:53-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 134
H8T Virginiamycin M × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6NU2
Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling
提交 2019-01-30
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 82
PDB 声明:86-meric
|
链 O
9–160(152 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6NU3
Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling
提交 2019-01-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 81
PDB 声明:85-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
6VLZ
Structure of the human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex (ClassI)
提交 2020-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:90-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 130
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å
|
|
6VMI
Structure of the human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex (ClassIII)
提交 2020-01-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:91-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 130
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å
|
|
6ZM5
Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide
提交 2020-07-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:94-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 189
K POTASSIUM ION × 44
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
ALA ALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å
|
|
6ZM6
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA
提交 2020-07-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:92-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 189
K POTASSIUM ION × 44
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å
|
|
6ZS9
Human mitochondrial ribosome in complex with ribosome recycling factor
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:91-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6ZSA
Human mitochondrial ribosome bound to mRNA, A-site tRNA and P-site tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:92-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
H8Q ~{N}-[(3~{S},6~{R},12~{R},15~{S},16~{S},19~{S},22~{S},25~{S})-25-[[(3~{S})-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl]sulfanylmethyl]-3-[[4-(dimethylamino)phenyl]methyl]-12-ethyl-4,16-dimethyl-2,5,11,14,18,21,24-heptakis(oxidanylidene)-19-phenyl-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.0^{6,10}]hexacosan-15-yl]-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide × 1
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6ZSB
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA and P-site tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:92-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
6ZSC
Human mitochondrial ribosome in complex with E-site tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:91-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6ZSD
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, P-site tRNA and E-site tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:93-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6ZSE
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/P-tRNA and P/E-tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:93-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å
|
|
6ZSG
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A-site tRNA, P-site tRNA and E-site tRNA
提交 2020-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:94-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7A5F
Structure of the stalled human mitoribosome with P- and E-site mt-tRNAs
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:91-meric
|
链 O3
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 128
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
SO4 SULFATE ION × 1
MLI MALONATE ION × 3
CL CHLORIDE ION × 2
NA SODIUM ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
7A5G
Structure of the elongating human mitoribosome bound to mtEF-Tu.GMPPCP and A/T mt-tRNA
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:94-meric
|
链 O3
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 128
SPD SPERMIDINE × 1
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
NA SODIUM ION × 4
SO4 SULFATE ION × 1
MLI MALONATE ION × 3
CL CHLORIDE ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.33 Å
|
|
7A5H
Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:59-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7A5I
Structure of the human mitoribosome with A- P-and E-site mt-tRNAs
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 83
PDB 声明:90-meric
|
链 O3
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 7
CL CHLORIDE ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7A5J
Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:63-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 3
CL CHLORIDE ION × 2
NA SODIUM ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7A5K
Structure of the human mitoribosome in the post translocation state bound to mtEF-G1
提交 2020-08-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:93-meric
|
链 O3
1–175(175 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 128
SPD SPERMIDINE × 1
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7L08
Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome-RRFmt complex.
提交 2020-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 84
PDB 声明:87-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å
|
|
7L20
Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosomal subunit in complex with RRFmt and EF-G2mt.
提交 2020-12-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 102
ZN ZINC ION × 3
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å
|
|
7O9K
Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu
提交 2021-04-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 67
PDB 声明:69-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 93
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7O9M
Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module
提交 2021-04-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 64
PDB 声明:66-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 104
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
ZN ZINC ION × 2
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
7ODR
State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate
提交 2021-04-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 97
K POTASSIUM ION × 2
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7ODS
State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate
提交 2021-04-30
|
配体/离子不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 88
K POTASSIUM ION × 8
N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7OF0
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 61
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
7OF2
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6.
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 85
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7OF3
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 58
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7OF4
Structure of mature human mitochondrial ribosome large subunit in complex with GTPBP6 (PTC conformation 1).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:53-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 89
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7OF5
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 70
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7OF6
Structure of mature human mitochondrial ribosome large subunit in complex with GTPBP6 (PTC conformation 2).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:53-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 88
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
7OF7
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1).
提交 2021-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 74
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å
|
|
7OG4
Human mitochondrial ribosome in complex with P/E-tRNA
提交 2021-05-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:90-meric
|
链 XO
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 195
H8Q ~{N}-[(3~{S},6~{R},12~{R},15~{S},16~{S},19~{S},22~{S},25~{S})-25-[[(3~{S})-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl]sulfanylmethyl]-3-[[4-(dimethylamino)phenyl]methyl]-12-ethyl-4,16-dimethyl-2,5,11,14,18,21,24-heptakis(oxidanylidene)-19-phenyl-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.0^{6,10}]hexacosan-15-yl]-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide × 1
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
7OI6
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:52-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 48
ZN ZINC ION × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å
|
|
7OI7
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 2
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:54-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 49
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7OI8
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3A
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7OI9
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3B
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:54-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7OIA
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3C
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7OIB
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3D
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:51-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7OIC
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:58-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 76
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7OID
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5A
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7OIE
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5B
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7PD3
Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP
提交 2021-08-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:60-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 91
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7PO4
Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP)
提交 2021-09-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:60-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 35
K POTASSIUM ION × 8
ZN ZINC ION × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å
|
|
7QH6
Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 1
提交 2021-12-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 44
PDB 声明:46-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å
|
|
7QH7
Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4
提交 2021-12-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:49-meric
|
链 O
9–160(152 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 50
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å
|
|
7QI4
Human mitochondrial ribosome at 2.2 A resolution (bound to partly built tRNAs and mRNA)
提交 2021-12-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:94-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 4
MG MAGNESIUM ION × 206
K POTASSIUM ION × 54
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å
|
|
7QI5
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A-, P/P- and E/E-tRNAs at 2.63 A resolution
提交 2021-12-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:94-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 4
MG MAGNESIUM ION × 208
K POTASSIUM ION × 54
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å
|
|
7QI6
Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/P- and P/E-tRNAs at 2.98 A resolution
提交 2021-12-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:93-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 4
K POTASSIUM ION × 54
MG MAGNESIUM ION × 202
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
8ANY
Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC, SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA
提交 2022-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 89
PDB 声明:96-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 4
MG MAGNESIUM ION × 206
K POTASSIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å
|
|
8K2A
Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with Tigecycline
提交 2023-07-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 80
PDB 声明:83-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 145
T1C TIGECYCLINE × 4
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8K2B
Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline
提交 2023-07-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 95
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
8OIR
55S human mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
提交 2023-03-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:94-meric
|
链 BV
1–175(175 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 51
MG MAGNESIUM ION × 354
VAL VALINE × 1
ZN ZINC ION × 3
FS2 FE-S-O HYBRID CLUSTER × 3
MET METHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
8OIT
39S human mitochondrial large ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
提交 2023-03-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:62-meric
|
链 BV
1–175(175 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 34
MG MAGNESIUM ION × 228
VAL VALINE × 1
ZN ZINC ION × 2
FS2 FE-S-O HYBRID CLUSTER × 1
MET METHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8PK0
human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7
提交 2023-06-23
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 96
K POTASSIUM ION × 10
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å
|
|
8QSJ
Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7
提交 2023-10-10
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 38
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
8QU1
mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 1
提交 2023-10-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:30-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å
|
|
8QU5
mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2
提交 2023-10-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 48
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å
|
|
8RRI
Human mitochondrial ribosome in complex with antibiotic tigecycline
提交 2024-01-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 80
PDB 声明:86-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 94
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
T1C TIGECYCLINE × 3
K POTASSIUM ION × 16
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
8XT0
Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 5um Tigecycline
提交 2024-01-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 80
PDB 声明:83-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 145
T1C TIGECYCLINE × 3
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
8XT1
Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with 5uM Tigecycline
提交 2024-01-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:52-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 95
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
8XT2
Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 10uM Tigecycline
提交 2024-01-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 80
PDB 声明:83-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 145
T1C TIGECYCLINE × 3
ZN ZINC ION × 7
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
8XT3
Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with 10uM Tigecycline
提交 2024-01-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:52-meric
|
链 LQ
1–175(175 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 95
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9CN3
Human 39S mitoribosome in complex with antibiotic Linezolid
提交 2024-07-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 102
ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å
|
|
9OLF
Membrane-associated human mitoribosome in complex with TACO1
提交 2025-05-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 93
PDB 声明:100-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SPD SPERMIDINE × 7
MG MAGNESIUM ION × 205
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
K POTASSIUM ION × 54
SPM SPERMINE × 2
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å
|
|
9PG8
In situ structure of the human mitoribosome in the P-E state
提交 2025-07-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:93-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 8
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 205
VAL VALINE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å
|
|
9PGF
In situ structure of the human mitoribosome in the P state
提交 2025-07-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:91-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 8
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 205
VAL VALINE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å
|
|
9PGI
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P-E state with TACO1
提交 2025-07-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:94-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å
|
|
9PGL
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P state with TACO1
提交 2025-07-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:92-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 8
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9PGM
In situ structure of the human mitoribosome in the P-E state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:91-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å
|
|
9PR4
In Situ Structure of the Human Mitochondrial Large Subunit 39S in Complex with TACO1
提交 2025-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 61
PDB 声明:63-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 36
MG MAGNESIUM ION × 141
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
SPD SPERMIDINE × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å
|
|
9PRA
In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu
提交 2025-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 64
PDB 声明:66-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 36
MG MAGNESIUM ION × 141
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
SPD SPERMIDINE × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å
|
|
9PRD
In situ structure of the human mitoribosome in the P state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 84
PDB 声明:89-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å
|
|
9PRQ
In situ structure of human mitoribosome in the A/T-P state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:91-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å
|
|
9PRX
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 84
PDB 声明:90-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å
|
|
9PS0
In situ structure of the human mitoribosome in the A/P-P/E state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:91-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 52
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å
|
|
9PS7
In situ structure of the human mitoribosome in the A/T-P-E state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 86
PDB 声明:93-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å
|
|
9PSI
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P-E state from TACO1-knockout cells
提交 2025-07-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 85
PDB 声明:92-meric
|
链 O
1–175(175 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.12 Å
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9PSM
In situ structure of the human mitoribosome in the A/P-P/E state
提交 2025-07-25
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:93-meric
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链 O
1–175(175 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 54
SPD SPERMIDINE × 8
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 204
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPM SPERMINE × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
VAL VALINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.98 Å
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9UWH
human mitoribosome trapped by retapamulin
提交 2025-05-12
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 81
PDB 声明:86-meric
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链 O
1–175(175 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 208
K POTASSIUM ION × 53
G34 Retapamulin × 1
VAL VALINE × 1
NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1
SPD SPERMIDINE × 1
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å
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