8pk0

human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 280.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pk0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pk0
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8pk0
沉积日期 deposition_date2023-06-23
结构标题 titlehuman mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7
关键词 keywordsmitochondria, maturation, biogenesis, ribosome, GTPBP7, GTPBP10, GTP Binding Protein 10, OBGH2, MTG1, LSU; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier75.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron78.70
零角强度 I(0) i051773300000.00
分子量 molecular_weight1574100.0 kDa
排除体积 excluded_volume1818200 ų
包络体积 envelope_volume3074800 ų
水化壳体积 shell_volume300520 ų
包络直径 envelope_diameter258.1
壳层 Rg shell_rg90.28
包络 Rg envelope_rg78.38
形状 Rg shape_rg78.92
总 Rg total_rg78.21
总原子数 total_atoms108702
残基数 n_residues11234
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax280.2
Rg (实空间) rg_real79.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.64
I(0) (实空间) i0_real5.1780e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0270e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal76.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal51870000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8809
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary93.4
偏度 Skewness skewness0.547
峰度 Kurtosis kurtosis0.335
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9969
最高正则化参数 α highest_alpha7067000000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.668; Stabil: 0.890; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.848

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (64)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)