当前蛋白身份：Q96PU5
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
496–535（40 aa）
片段：WW 3 domain residues 496-535
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LB2 Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3 提交 2011-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
386–420（35 aa）
片段：residues 386-420
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LTY NEDD4L WW2 domain in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
385–417（33 aa）
片段：WW2 domain (UNP residues 385-417)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；285 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM NEDD4LWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MPT WW3 domain of Nedd4L in complex with its HECT domain PY motif 提交 2014-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
496–539（44 aa）
片段：WW3 domain, UNP RESIDUES 496-539
链 B
945–957（13 aa）
片段：HECT domain PY motif, UNP RESIDUES 945-957
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.7 mM WW3-1, 1.4 mM HECT_PY-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] WW3-5, 2 mM HECT_PY-6, 150 mM sodium chloride-7, 20 mM sodium phosphate-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WW3-9, 1.6 mM HECT_PY-10, 150 mM sodium chloride-11, 20 mM sodium phosphate-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2NSQ Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein 提交 2006-11-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–154（154 aa）
片段：C2 Domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；298 K；14% PEG 4000, 0.2 M NaOAc, pH 6.5, 1 mM DTT. 20% Ethylene glycol added as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 6.50
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.218 |
| 2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
594–967（374 aa）
片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0,
100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION
WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0,
1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE
SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25%
ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.259 |
| 2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
594–967（374 aa）
片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0,
100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION
WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0,
1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE
SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25%
ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.259 |
| 2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
594–967（374 aa）
片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0,
100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION
WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0,
1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE
SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25%
ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.259 |
| 3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
596–975（380 aa）
片段：HECT domain
|
突变：576-949, C922A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.267 |
| 3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
596–975（380 aa）
片段：HECT domain
|
突变：576-949, C922A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.267 |
| 3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
596–975（380 aa）
片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)
|
突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.287 |
| 3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
596–975（380 aa）
片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)
|
突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.287 |
| 5HPK System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: NEDD4L and UbV NL.1 提交 2016-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
594–975（382 aa）
片段：HECT domain (UNP residues 594-975)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium cacodylate, NaCl, PEG 8000, 1-butanol
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.227 |
| 6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
338–347（10 aa）
链 G
338–347（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.241 |
| 6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
338–347（10 aa）
链 H
338–347（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.241 |
| 6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
444–453（10 aa）
链 G
444–453（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.239 |
| 6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
444–453（10 aa）
链 H
444–453（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.239 |
| 7LP1 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
494–532（39 aa）
片段：WW 3 domain, residues 494-532
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；3.6M ammonium nitrate, 5% glycerol, and 0.1M sodium acetate at pH 4.6
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.213 |
| 7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
193–226（34 aa）
片段：WW 1 domain, residues 193-226
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.210 |
| 7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
193–226（34 aa）
片段：WW 1 domain, residues 193-226
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.210 |
| 7LP4 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
493–539（47 aa）
片段：WW 3 domain, residues 493-539
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7LP5 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
493–539（47 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7NMZ Structure of 14-3-3 eta in complex with Nedd4-2(335-455) containing two 14-3-3 binding motifs Ser342 and Ser448 提交 2021-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
335–455（121 aa）
|
突变：T367A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M of each NPS (sodium nitrate, sodium phosphate dibasic, ammonium sulfate), 0.1Mbicine/Trizma base pH 8.5, 30% sacharose
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 9GIK Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–955（955 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9GIM Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase in presence of Ca2+ 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–955（955 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1mM CaCl2, 3mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.11 Å |
| 9Z5Q HECT domain of NEDD4-2 complex with a targeted nanobody, nb.C11 提交 2025-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
541–975（435 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA, 0.043% CHAPS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out at Argon atmosphere
|
分辨率 3.06 Å |