当前蛋白身份：Q96QK1
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
483–780（298 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
483–780（298 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.246 |
| 5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.255 |
| 5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.255 |
| 5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.255 |
| 5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.255 |
| 5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.255 |
| 5F0L Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 提交 2015-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.259 |
| 5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
14–470（457 aa）
片段：Residues 14-470
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.261 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
482–780（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
482–780（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
482–780（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
482–780（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
471–781（311 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
471–781（311 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
471–781（311 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
471–781（311 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 7BLN VPS35/VPS29 arch of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–796（796 aa）
链 C
1–796（796 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 7BLO VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
12–363（352 aa）
链 C
12–363（352 aa）
|
未记录 | PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
476–780（305 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.264 |
| 8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
476–780（305 aa）
|
未记录 | XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.264 |
| 8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
476–780（305 aa）
|
未记录 | XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.250 |
| 8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
476–780（305 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.250 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
471–781（311 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
471–781（311 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
471–781（311 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
471–781（311 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |