当前蛋白身份：Q99879
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10YE DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL0 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
33–125（93 aa）
链 H
33–125（93 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 10YG DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-4 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
33–125（93 aa）
链 H
33–125（93 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YH DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
33–125（93 aa）
链 H
33–125（93 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 10YI XRCC1-DNA Ligase IIIa complex bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
33–125（93 aa）
链 H
33–125（93 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D3K Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from both sides 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
35–124（90 aa）
链 H
36–125（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9D3L Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from the left side 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
35–124（90 aa）
链 H
35–124（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3M Two HMGN2s in complex with the nucleosome 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
32–124（93 aa）
链 H
32–124（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D3N 167-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
37–125（89 aa）
链 H
37–125（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3O 167-bp 5S rDNA nucleosome - closed 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
30–124（95 aa）
链 H
30–124（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3P 167-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open only on the downstream side) 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
32–126（95 aa）
链 H
32–126（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9D3Q 167-bp 5S rDNA nucleosome - open II 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
33–126（94 aa）
链 H
33–126（94 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3S 147-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open on the downstream side) 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
32–125（94 aa）
链 H
32–125（94 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9D3T 147-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 D
36–124（89 aa）
链 H
36–124（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |